计算化学公社

标题: 求助，xyz文件怎么统计其中的键的连接情况呢？ [打印本页]

作者
Author: 楚瑶 时间: 2024-5-16 12:02
标题: 求助，xyz文件怎么统计其中的键的连接情况呢？

各位老师好，之前使用lammps中的reaxff势场可以直接输出原子间键的连接情况，但是我现在用CP2K跑AIMD，输出文件格式是.xyz，请问这个要怎么统计某个键（比如N-N）的数量呢？

作者
Author: lyj714 时间: 2024-5-16 15:27
可以vmd读取每帧xyz，根据它的成键关系统计出来。或者自己写程序统计了。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-16 19:51
自己写脚本进行分析。参考北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html）里我写的这个脚本，了解怎么循环各帧、对每帧重新判断成键（红线所示）

(, 下载次数 Times of downloads: 10)

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)