计算化学公社

标题: 在模拟过程中压力和盒子的大小变化浮动很大 [打印本页]

作者
Author: 1367 时间: 2024-5-16 15:09
标题: 在模拟过程中压力和盒子的大小变化浮动很大
各位老师同学好，我在模拟甲烷在溶剂当中的溶解度，在正式的模拟之前，我先进行了能量最小化，然后先用npt模拟了1ns，热浴和压浴分别为V-rescale 和berendsen，然后又跑了2ns的nvt，使用的热浴也是V-rescale，最后进行了正式的模拟，使用的mdp文件如下：

integrator  = md
nsteps    = 25000000
dt       = 0.002
; Output control
nstxout    = 1000
nstvout    = 1000
nstenergy = 1000
nstlog    = 1000
; Bond parameters
continuation          = no
constraint_algorithm = lincs
constraints          = h-bonds
lincs_iter             = 1
lincs_order          = 4
; Neighborsearching
cutoff-scheme = Verlet
ns_type       = grid
nstlist       = 10
rcoulomb       = 1.4
rvdw          = 1.4
; Electrostatics
coulombtype    = PME
pme_order    = 4
fourierspacing  = 0.12
; Temperature coupling is on
tcoupl    = Nose-Hoover
tc-grps    =system
tau_t    = 0.4
ref_t    = 253

; Pressure coupling is off
pcoupl             = Parrinello-Rahman
pcoupltype       = isotropic
tau_p             = 2.0
ref_p             = 10
compressibility    = 4.5e-5
refcoord_scaling = no
; Periodic boundary conditions
pbc    = xyz
DispCorr = EnerPres
gen_vel    = no

发现其压力和盒子的大小变化浮动很大，平均压力达到了30bar。想问一下是参数设置的不正确嘛？希望大家可以给予一些建议。
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作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-16 20:24
正常现象
越小的体系压力波动就倾向于越大。只需要关注平均值。对凝聚相体系，由于可压缩系数极低，即便和参考压力看似相差不小也没什么实际问题

作者
Author: 1367 时间: 2024-5-17 10:23

sobereva 发表于 2024-5-16 20:24
正常现象
越小的体系压力波动就倾向于越大。只需要关注平均值。对凝聚相体系，由于可压缩系数极低，即便和 ...

sob老师您好，我在模拟跑到大概14ns的时候出现报错了。

Fatal error:
2 particles communicated to PME rank 17 are more than 2/3 times the cut-off
out of the domain decomposition cell of their charge group in dimension y.
This usually means that your system is not well equilibrated.

发现盒子突然变的非常大，从之前的4nm变长变为了30nm，最后直接到了100多nm，因为我这也不是模拟初期了，已经模拟了10几ns了，想问一下这种情况应该如何做？我是否可以把突变之前的某帧拿出来继续跑一下平衡，然后继续模拟？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-18 02:58

1367 发表于 2024-5-17 10:23
sob老师您好，我在模拟跑到大概14ns的时候出现报错了。

发现盒子突然变的非常大，从之前的4nm变长变为 ...

用Berendsen或c-rescale压浴。后者可以完全取代PR压浴，正如同v-rescale热浴已经完全取代了Nose-Hoover热浴

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