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标题: 配体加水进行md时报错说盒子太小 [打印本页]

作者
Author: lxhpdx 时间: 2024-5-16 20:24
标题: 配体加水进行md时报错说盒子太小
本帖最后由 lxhpdx 于 2024-5-16 20:24 编辑

蛋白双配体模拟，glu配体之前出了问题，真空模拟都会跑崩，然后我修改了glu原子电荷，再次用新电荷跑的时候发现真空能跑。
但是在水溶剂中跑能量极小化和平衡相都可以成功，但是md的时候会跑崩显示盒子过小。
水溶剂是用slvate命令加的，感觉是水溶剂top设置有问题，不清楚是哪里出了问题
还请老师帮忙看一下
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这是它的开始帧和最后一帧。

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作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-16 21:26
缺乏力场的基本常识
sobtop产生的GAFF力场的拓扑文件哪能结合CHARMM36的forcefield.itp，完全不兼容，显然应该结合与GAFF兼容的AMBER力场的。另参考http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ2

作者
Author: lxhpdx 时间: 2024-5-17 10:26

sobereva 发表于 2024-5-16 21:26
缺乏力场的基本常识
sobtop产生的GAFF力场的拓扑文件哪能结合CHARMM36的forcefield.itp，完全不兼容，显然 ...

好的老师，我看了一下讲义发现了问题所在。我现在使用的是gromacs24版本
请问老师我用的charmm36mm描述的蛋白，配体小分子要使用CGenFF立场是嘛
或者用amber14SB来描述蛋白，然后用GAFF描述小分子配体。
目前在gromacs跑蛋白和配体还有没有更好的立场选择呢

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-18 03:00

lxhpdx 发表于 2024-5-17 10:26
好的老师，我看了一下讲义发现了问题所在。我现在使用的是gromacs24版本
请问老师我用的charmm36mm描述 ...

amber14SB+GAFF已经非常理想了，强烈建议用这个
模拟蛋白有更好一点点的Amber19SB，但需要结合四点水模型OPC才比14SB有一点优势，而且目前也没有gromacs的19SB的力场包

作者
Author: lxhpdx 时间: 2024-5-20 08:31

sobereva 发表于 2024-5-18 03:00
amber14SB+GAFF已经非常理想了，强烈建议用这个
模拟蛋白有更好一点点的Amber19SB，但需要结合四点水模 ...

好的谢谢老师

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Author: cbz 时间: 2024-5-20 09:17
谢谢老师

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