计算化学公社

标题: 请问怎么做一个关于某些分子的质心为参考选取径向分布函数的图呀？ [打印本页]

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Author: gaochangcheng 时间: 2024-5-16 21:04
标题: 请问怎么做一个关于某些分子的质心为参考选取径向分布函数的图呀？
请问一下各位老师，我这个盒子里面有100个成团的尼古丁分子，周围还有一些N2 O2，我想做一个是以这100个尼古丁分子的质心为参考选区，N2 O2 以及尼古丁分子为分布选区的径向分布图该怎么做呀，我用gmx rdf 的命令gmx rdf -f md.xtc -s md.tpr -o rdf.xvg -cn rdf_cn.xvg -ref "res_com of resname ABU6" -sel "res_com of resname YXZZ" "res_com of resname HW4K" "res_com of resname ABU6" -bin 0.01 -norm number_density总是不对，请问是命令的问题吗？(YXZZ HW4K ABU6分别是O2 N2 尼古丁分子的残基名)

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Author: sobereva 时间: 2024-5-16 21:32
-sel后头没法加好几个双引号扩住的部分。所有对象写到一个双引号里面

显然不能用res_com of resname ABU6，搞清楚res_com的含义，这会把每个残基质心分别作为一个参考组计算并且结果取平均，而不是取整个簇的质心

不要24小时内在思想家公社QQ群和计算化学公社论坛里问同一问题，注意看群规（http://sobereva.com/QQrule.html），以及论坛置顶的论坛新社员必读贴

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Author: gaochangcheng 时间: 2024-5-19 17:35

sobereva 发表于 2024-5-16 21:32
-sel后头没法加好几个双引号扩住的部分。所有对象写到一个双引号里面

显然不能用res_com of resname ABU ...

好的，谢谢sob老师回复，请问老师怎么才能取整个簇的质心呀，并且后面要看氮气氧气以及尼古丁（簇由该分子组成）分子的分布，命令是直接-sel " YXZZ HW4K ABU6" 吗谢谢

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Author: sobereva 时间: 2024-5-20 02:07

gaochangcheng 发表于 2024-5-19 17:35
好的，谢谢sob老师回复，请问老师怎么才能取整个簇的质心呀，并且后面要看氮气氧气以及尼古丁（簇由该分 ...

用com of

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Author: gaochangcheng 时间: 2024-5-21 09:18

sobereva 发表于 2024-5-20 02:07
用com of

好的，谢谢sob老师指导

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