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标题: 关于MSD分析中如何消除质心运动 [打印本页]

作者
Author: zsz575409372 时间: 2024-5-17 09:45
标题: 关于MSD分析中如何消除质心运动
求助：之前在GROMACS 2018版本中可以使用-rmcomm选项移除系统的质心运动，然而现在超算中心使用的是2022.5版本，似乎是已经移除了-rmcomm这个命令，得到的MSD曲线具有明显的二次项。那么现在这个版本如何移除质心运动呢？可以通过改小mdp中nstcomm的方式移除吗？（个人认为100步已经不大了）

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-18 03:28
可以

作者
Author: zsz575409372 时间: 2024-5-22 14:52

sobereva 发表于 2024-5-18 03:28
可以

感谢sob老师还想问一下如果要是尽量的移除质心运动大概nstcomm要设定到多少呢 10是否足够了

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-23 04:31

zsz575409372 发表于 2024-5-22 14:52
感谢sob老师还想问一下如果要是尽量的移除质心运动大概nstcomm要设定到多少呢 10是否足够了

通常默认的就可以
默认的如果没达到效果，减小两倍再试

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