计算化学公社

标题: -solvate 指令是在盒子只要有空隙的地方就随机插入水吗 [打印本页]

作者
Author: emmmmm 时间: 2024-5-17 21:24
标题: -solvate 指令是在盒子只要有空隙的地方就随机插入水吗
想请问一下老师，我的体系是dopc双分子层，然后我在用-solvate指令的时候，水会插在我的双分子层里面，我想问一下如何避免这种情况，我只想插在双分子层上下两侧。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-17 22:13
别把solvate写成-solvate

默认在整个盒子里填充，然后自动删除该删的：
(, 下载次数 Times of downloads: 26)

当前问题，要么加大原子半径，要么之后用VMD保存新结构的时候用恰当的选择语句排除掉不该有的水
VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504（http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html）

作者
Author: rpestana94 时间: 2024-5-17 22:20
In the gromacs membrane proteins tutorials, in the solvation part there is a script to remove water inside the lipid bilayer and the instruction on how to use it

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)