计算化学公社

标题: 在进行能量最小化的时候报错 “体系中没有定义分子” [打印本页]

作者
Author: pg-zhd 时间: 2024-5-18 09:58
标题: 在进行能量最小化的时候报错 “体系中没有定义分子”
我用的这个命令做能量最小化gmx grompp -f minim.mdp -c cDCM_solv.gro -p topol.top -o em.tpr
麻烦问一下怎么解决呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-18 10:03
你的top文件根本就不是gromacs的top文件的格式
这种事稍微有点GROMACS基本常识不可能意识不到

作者
Author: pg-zhd 时间: 2024-5-18 10:07

sobereva 发表于 2024-5-18 10:03
你的top文件根本就不是gromacs的top文件的格式
这种事稍微有点GROMACS基本常识不可能意识不到

感谢感谢，我刚开始学还不是很了解

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-18 23:50

pg-zhd 发表于 2024-5-18 10:07
感谢感谢，我刚开始学还不是很了解

建议系统性学学，要不然得绕无数弯路、白浪费大量时间在踩坑和摸索上
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