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标题: gromacs可以模拟实验中先加钙反应一段时间后再加磷酸根的这个过程吗 [打印本页]

作者
Author: Willow0114 时间: 2024-5-18 13:43
标题: gromacs可以模拟实验中先加钙反应一段时间后再加磷酸根的这个过程吗
本帖最后由 Willow0114 于 2024-5-18 15:51 编辑

我想用gromacs模拟我的实验。实验里是先向体系里加钙离子反应10分钟后在加入磷酸根离子，反应24小时。
Q：这个过程在gromacs中可以实现吗？具体是用什么方法或者指令实现。（蛋白质并不会和钙磷反应，钙磷只是在蛋白质上沉积）

作者
Author: 牧生 时间: 2024-5-18 15:08
gmx不支持反应

作者
Author: Willow0114 时间: 2024-5-18 15:46
本帖最后由 Willow0114 于 2024-5-18 15:47 编辑

牧生发表于 2024-5-18 15:08
gmx不支持反应

感谢您的回复，那观察钙和磷酸根在蛋白上的结合情况也不行吗？因为本身钙磷也不会和蛋白质发生反应，只是会在蛋白质上面沉积

作者
Author: 牧生 时间: 2024-5-18 18:50

Willow0114 发表于 2024-5-18 15:46
感谢您的回复，那观察钙和磷酸根在蛋白上的结合情况也不行吗？因为本身钙磷也不会和蛋白质发生反应，只是 ...

模拟结合是可以的

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-19 00:08

Willow0114 发表于 2024-5-18 15:46
感谢您的回复，那观察钙和磷酸根在蛋白上的结合情况也不行吗？因为本身钙磷也不会和蛋白质发生反应，只是 ...

只要不是共价结合就都可以

作者
Author: Willow0114 时间: 2024-5-19 10:03
明白了，感谢。那回到标题的问题，那这个分步的过程在gromacs可以实现吗？

作者
Author: Seyilaxa 时间: 2024-5-19 10:36

Willow0114 发表于 2024-5-19 10:03
明白了，感谢。那回到标题的问题，那这个分步的过程在gromacs可以实现吗？

可以分成两个独立的模拟来跑，用第一个输出的结果作为第二个的初始结构，然后加磷酸根。

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