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标题: 用sobtop生成的改性SiO2的itp文件跑出来的动力学轨迹变形 [打印本页]

作者
Author: nuanwen 时间: 2024-5-18 16:16
标题: 用sobtop生成的改性SiO2的itp文件跑出来的动力学轨迹变形
本帖最后由 nuanwen 于 2024-6-5 21:51 编辑

老师好，我在使用sobtop产生改性SiO2的拓扑文件的时候，修改了assign_AT.dat、bonded_param.dat、LJ_param.dat等参数，启动sobtop，依次输入1,5之后，正常指认了原子类型，也正常生成了top和itp文件，但是放在gmx里面进行能量最小化后跑出来的动力学轨迹，发现在sio2.gro完全变形了，弯曲了，想请问一下是itp的参数不对吗？（已解决，已有最新的输入信息文件）

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-19 00:40
我不晓得你算的是什么情况，是一维纳米带，还是二维slab。如果是后者，不可能侧面出现OH，而应当是跨盒子成键才对。另外，slab也太薄了。

解决以上问题、确保跨盒子的键都没问题后，如果还有此类问题，把二面角项、原子电荷都去掉再试。

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