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标题: 关于有机分子在水溶液中的聚集的模拟 [打印本页]

作者
Author: yaochuang 时间: 2014-12-15 09:28
标题: 关于有机分子在水溶液中的聚集的模拟
请大家帮帮忙
我们实验中得到一种小分子在水中会聚集成纳米粒子。我们想利用分子动力学的方法来模拟一下这个过程，以及分析一下这个过程中的主要作用力是什么。
不知道MS有没有这样的功能？

我的初步构想是：建立一个水盒子，然后把这种分子丢进去，利用动力学模拟看是怎么变化的。不知道这样的思路对不对？
还请各位老师帮帮忙！
谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2014-12-15 18:00
模拟过程就是这种做法，没问题，不管是哪个动力学程序都得这样做。
不过MS速度偏慢，分析方面不够灵活，如果不是必须用MS（比如要用COMPASS之类MS自带的力场，必须用MS的图形界面等等），不妨考虑gromacs等程序

作者
Author: yaochuang 时间: 2014-12-16 11:08

sobereva 发表于 2014-12-15 18:00
模拟过程就是这种做法，没问题，不管是哪个动力学程序都得这样做。
不过MS速度偏慢，分析方面不够灵活，如 ...

谢谢sob老师！

我以前没有用过gromacs 请问这个软件自学难度大吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2014-12-16 17:16
gmx是目前用得最多的MD程序，虽然肯定比起MS这样纯图形界面的要学的东西多，但也不算太难。
PS：明年科音会开展gromacs的培训

作者
Author: yaochuang 时间: 2014-12-17 09:00

sobereva 发表于 2014-12-16 17:16
gmx是目前用得最多的MD程序，虽然肯定比起MS这样纯图形界面的要学的东西多，但也不算太难。
PS：明年科音 ...

谢谢，sob老师！
期待gromacs的培训！:)

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