计算化学公社

标题: 求助gmx2018 do_dssp模块运行不了 [打印本页]

作者
Author: zmyth 时间: 2024-5-19 14:23
标题: 求助gmx2018 do_dssp模块运行不了
各位老师好，本人小白一个，在cento7系统下用gmx2018 运行dssp模块进行计算蛋白的二级结构，一直卡在这个界面，请问是哪里出现问题了

作者
Author: Seyilaxa 时间: 2024-5-19 14:50
DSSP计算耗时较久，可以等等看

作者
Author: zmyth 时间: 2024-5-19 14:57

Seyilaxa 发表于 2024-5-19 14:50
DSSP计算耗时较久，可以等等看

过了一晚上了还是这个样子

作者
Author: Seyilaxa 时间: 2024-5-19 15:19
本帖最后由 Seyilaxa 于 2024-5-19 15:47 编辑

zmyth 发表于 2024-5-19 14:57
过了一晚上了还是这个样子

有检查过安装的DSSP路径有没有被加入环境变量吗
如果安装没有问题，可能是DSSP的版本和gmx版本不合适，尝试一下换个gmx版本或者重装一个DSSP或许可以

作者
Author: zmyth 时间: 2024-5-19 16:30

Seyilaxa 发表于 2024-5-19 15:19
有检查过安装的DSSP路径有没有被加入环境变量吗
如果安装没有问题，可能是DSSP的版本和gmx版本不合适， ...

dssp的环境变量是export DSSP=path/to/dssp吗？dssp版本换了三个2.2.1,3.0.0和 3.0.10都不行

作者
Author: Seyilaxa 时间: 2024-5-19 17:05
本帖最后由 Seyilaxa 于 2024-5-19 17:08 编辑

zmyth 发表于 2024-5-19 16:30
dssp的环境变量是export DSSP=path/to/dssp吗？dssp版本换了三个2.2.1,3.0.0和 3.0.10都不行

是的。检查一下体系中有没有重复的残基编号或者自定义的残基名称。
实在没办法可以尝试一下换个gmx的版本。gmx官网的更新公告上提到过对do_dssp进行过几次修复和调整

作者
Author: zmyth 时间: 2024-5-19 17:17

Seyilaxa 发表于 2024-5-19 17:05
是的。检查一下体系中有没有重复的残基编号或者自定义的残基名称。
实在没办法可以尝试一下换个gmx的版 ...

好的，谢谢老师

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-20 02:16
另外也可以用VMD自带的timeline插件计算各残基二级结构随时间的变化，用处和DSSP一样

作者
Author: Kiteliberator 时间: 2025-3-7 16:39

zmyth 发表于 2024-5-19 16:30
dssp的环境变量是export DSSP=path/to/dssp吗？dssp版本换了三个2.2.1,3.0.0和 3.0.10都不行

您好，您这个问题最后是怎么解决的，我再gromacs2022.6版本上也遇到了同样的问题，想请教一下您

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