计算化学公社

标题: 新手求助，请问PESs是什么 [打印本页]

作者
Author: MuunYoo 时间: 2024-5-19 15:21
标题: 新手求助，请问PESs是什么

Computational details. Why onlythree molecules were fully optimized?

The B3LYP/6-311++G** methodshould be employed to perform the optimizations in gas phase and in solution.The PESs should be studied in order to know the most stable structure with theglobal minimum. Then, the 1H and 13C-NMR spectra should be predicted and compared with thecorresponding experimental ones.

以上是审稿人的原话，本人是新手，没有系统地学习过理论计算。平时做的主要是性质的应用，这次审稿人提出用PESs去确定最低能态，我表示不理解，在论坛里搜了也没找到方法教学，恳请大哥们指路！感谢各位！

作者
Author: MuunYoo 时间: 2024-5-19 15:24
还有一点我不是很理解，为什么审稿人提出要看在气相和液相中结构呢（他具体是想看什么数据呢）

作者
Author: Weldingspock 时间: 2024-5-19 16:09
Potential energy surfaces势能面吧。

作者
Author: MuunYoo 时间: 2024-5-19 20:20

Weldingspock 发表于 2024-5-19 16:09
Potential energy surfaces势能面吧。

感谢解答！

作者
Author: dnlx 时间: 2024-5-19 22:28
就是让你气相和溶液相分别优化吧，你是不是只优化了气相情况？气相的势能面不能够代替溶液相的。

另外，6-311++G**基组是你投稿时就用的，还是审稿人要求你用的？NMR不需要加弥散：
http://sobereva.com/119

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-20 02:19
我不知道你算的什么分子。如果是柔性分子，必须做构象搜索，相当于寻找势能面（PES）上最低或者最低一批结构，看以下信息了解构象搜索常识

构型和构象搜索程序Molclus主页：http://www.keinsci.com/research/molclus.html
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html
gentor：扫描方式做分子构象搜索的便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2388-1-1.html
将Confab或Frog2与Molclus联用对有机体系做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-20063-1-1.html
使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html

柔性分子的NMR对构象往往很敏感，这是为什么必须考虑构象搜索问题。看下文对于氨基酸的NMR谱的绘制是怎么考虑的
使用Multiwfn绘制NMR谱
http://sobereva.com/565（http://bbs.keinsci.com/thread-19711-1-1.html）

看下文了解什么叫势能面（PES）
辨析计算化学中的任务类型和理论方法
http://sobereva.com/680（http://bbs.keinsci.com/thread-38982-1-1.html）

顺带强烈建议通过北京科音初级量子化学培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KEQC_content.html）恶补下理论计算的各种基本知识，PES这种做计算最基本的概念都不知道的话，几乎不可能做正确、有意义的计算，每次审稿人一问就傻眼。

作者
Author: MuunYoo 时间: 2024-5-20 13:18

dnlx 发表于 2024-5-19 22:28
就是让你气相和溶液相分别优化吧，你是不是只优化了气相情况？气相的势能面不能够代替溶液相的。

另外， ...

我提交的初稿里只是优化了溶液情况下，我本来是用6-31g(d)+D3的。因为我文章的重点并不是计算，而是性质，本来包含的计算部分只是计算HOMO-LUMO，用变化趋势来简单解释实验结果，但是这个审稿人全都是针对我的计算部分进行提出意见……其中要补充大量的计算内容

作者
Author: MuunYoo 时间: 2024-5-20 13:23

sobereva 发表于 2024-5-20 02:19
我不知道你算的什么分子。如果是柔性分子，必须做构象搜索，相当于寻找势能面（PES）上最低或者最低一批结 ...

感谢sob大神的解答！我要计算的应该是我自己合成出来的多苯环的刚性分子，审稿人要求我计算其势能面以找到最低能量的构象，我正在为此想办法！

作者
Author: wzkchem5 时间: 2024-5-20 16:23

MuunYoo 发表于 2024-5-20 06:23
感谢sob大神的解答！我要计算的应该是我自己合成出来的多苯环的刚性分子，审稿人要求我计算其势能面以找 ...

如果你已经做了结构优化，但是审稿人仍然提出这个问题，说明审稿人希望你做构象搜索。
注意多个苯环不能保证构象唯一

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