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标题: 酶和四糖底物结合能分析，四糖底物拓扑结构生成求助 [打印本页]

作者
Author: 艾小野 时间: 2024-5-19 19:27
标题: 酶和四糖底物结合能分析，四糖底物拓扑结构生成求助
各位老师们你们好，最近想做一个多糖裂解酶和四糖底物之间的结合能分析，利用pymol从NCBI复合物晶体结构中直接获取了四糖底物（GMGM）的pdb，利用Autodock vina对接，选择了一个对接位置和氢键数目比较理想的构象，这时候建议用什么软件怎么生成四糖底物的拓扑结构文件。

有想过利用charmm-gui直接生成复合物的gromacs输入文件，也试过单独生成配体的输入文件，但是均在生成PDB过程中出现Mismatch in ligand atom order,想请教各位前辈们有什么建议和看法呢？

作者
Author: 艾小野 时间: 2024-5-19 19:29
这是Autodock对接前后的配体pdb文件，然后试过未对接的配体可以利用charmm-gui成功得到输入文件

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-20 02:38

艾小野发表于 2024-5-19 19:29
这是Autodock对接前后的配体pdb文件，然后试过未对接的配体可以利用charmm-gui成功得到输入文件

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-20 02:40
配体和多糖的拓扑文件应当分别产生
配体用sobtop (http://sobereva.com/soft/Sobtop)产生GAFF的拓扑文件，多糖部分可以用AmberTools里的leap产生，然后acpype转成gromacs的拓扑文件

作者
Author: 艾小野 时间: 2024-5-20 11:20

sobereva 发表于 2024-5-20 02:38
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员 ...

抱歉社长，下次一定注意

作者
Author: 艾小野 时间: 2024-5-21 16:47

sobereva 发表于 2024-5-20 02:40
配体和多糖的拓扑文件应当分别产生
配体用sobtop (http://sobereva.com/soft/Sobtop)产生GAFF的拓扑文件， ...

谢谢社长老师的回复！！我的配体就是四糖的寡糖，我觉得它分子量不算大，所以直接图省事方便，用了Sobtop（真的超级好用，学习成本几乎为零，新手大喜）生成底物的itp gro top文件，然后蛋白用了常用组合力场Amber14sb，没对配体位置限制直接先跑了5ns，VMD下看了轨迹配体没有跑出口袋，这里想请教社长老师：Sobtop可以用来生成寡糖的拓扑文件嘛？然后还想问是不是配体模拟的最开始只要没有脱离的话就说明底物结合比较稳定，可以不用加位置限制预跑？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-22 05:43

艾小野发表于 2024-5-21 16:47
谢谢社长老师的回复！！我的配体就是四糖的寡糖，我觉得它分子量不算大，所以直接图省事方便，用了Sobtop ...

GAFF虽然没有glycam力场描述糖理想，但也没明显问题
是

作者
Author: 艾小野 时间: 2024-5-22 09:58

sobereva 发表于 2024-5-22 05:43
GAFF虽然没有glycam力场描述糖理想，但也没明显问题
是

谢谢社长老师的回复，后续查到资料复合物在跑NVT和npt平衡中，会对配体加限制，正式MD再取消限制。我当时没注意到这个，就没加，续跑45ns（加上预跑的5ns一共跑了50ns），[img]然后利用gmx energy看了50ns模拟中的温度和压力变化，温度稳定在303K，但是压力却是浮动在0~600bar之间，想请教社长老师这个压力浮动的情况正常吗？
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之间看过社长老师发的“如何评价模拟平衡”帖子提到生物大分子体系要看rmsd比较准，也分析了protein_lig、protein、ligand的rmsd,前两者都稳定了，但是配体波动较大，[/img]尤其是后20ns过程中，看了vmd发现主是首糖和末糖单元的糖环发生明显的位置波动，想请教社长老师这与npt没加配体限制有关嘛？
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我感觉好像关系不大，一是时间都跑这么久了，二是蛋白建模本身质量偏低，加上酶和底物对接整体效果一般，结合文献的活性位点选了个糖结合比较稳定的对接位置，这个位置首糖和末糖单元不可避免和周围残基作用比较一般，所以出现这个配体结合波动大的结果。
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最后想请教社长：这种情况考虑继续跑还是重新换一个对接的配体，配体的波动感觉会好一点呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-23 04:29

艾小野发表于 2024-5-22 09:58
谢谢社长老师的回复，后续查到资料复合物在跑NVT和npt平衡中，会对配体加限制，正式MD再取消限制。我当时 ...

当前没明显问题

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