老师，packmol我使用得还不是很熟练，所以我就用您之前gromacs培训课（无限延展的石墨烯+纳米水滴）的教程视频，使用VMD建立了两层石墨烯（10*10nm）并保存为gro文件，然后我将gro文件中第二层石墨烯所有C原子的Z方向的坐标都改为15，这样就建立了两个平行且相聚15nm的石墨烯炭层。然后我更改了盒子的尺寸为10.0698*10.2069*15（根据视频里的讲解，这样盒子在X和Y方向是有周期性的）。最后再通过gmx insert-molecules把溶剂分子和离子液体的阴阳离子放入其中。下面附上了gro文件的部分截图和vmd展示的盒子图。老师，我有三个问题：（1）这样建立盒子的做法是否有问题？（2）后面我想在两个炭层上附上恒定的电荷，比如一个炭层我想带+2V的电荷，那么我用+2/该炭层上总的碳原子数目，就将每个C原子平均地附上电荷，这样的做法正确吗？（3）后面用gromacs跑MD的时候，我想忽略炭层电极的原子受力，是不是将原子的力场参数设置为0就可以了？ (, 下载次数 Times of downloads: 7)