计算化学公社

标题: 在SMD模型下使用M06-2X/6-31++G**计算相互作用能是否需要考虑BSSE校正能 [打印本页]

作者
Author: C41014007 时间: 2016-11-30 11:32
标题: 在SMD模型下使用M06-2X/6-31++G**计算相互作用能是否需要考虑BSSE校正能
我想计算SMD模型下溶质和溶剂分子之间的相互作用能，首先用B3LYP-D3/6-311+G**进行结构优化，获得气相下的最优结构。再在气相最优构型下，使用SMD模型和M06-2X/6-31++G**计算溶质与溶剂之间的相互作用能。在计算相互作用能的过程中我需要加入BSSE校正能？还有在优化和计算能量过程中选用的计算方法合理吗？望各位赐教，谢谢！

作者
Author: 冰释之川 时间: 2016-11-30 11:45
本帖最后由冰释之川于 2016-11-30 11:47 编辑

优化用了3-zeta基组；算相互作用能为何用2-zeta基组？6-31++G**基组还不如用6-311+G**,给氢加弥散绝大多数时候没啥意义。
关于BSSE，参考《谈谈BSSE校正与Gaussian对它的处理》http://www.sobereva.com/46 BSSE要不要做，要看你的研究体系和研究内容，还有就是基组本身质量（完备性程度）

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2016-11-30 11:52
仿佛没一句对的→_→

SMD计算的是（平均）溶剂化自由能，不是“溶质与溶剂之间的相互作用能”。后者应通过把溶剂分子显式的放在体系里，计算弱相互作用实现。先用3-zeta基组优化再用2-zeta计算能量毫无道理，包括方法、基组、BSSE的问题看 sobereva.com/214。

如果只是计算溶剂化自由能，看 sobereva.com/327

作者
Author: C41014007 时间: 2016-11-30 13:41

liyuanhe211 发表于 2016-11-30 11:52
仿佛没一句对的→_→

SMD计算的是（平均）溶剂化自由能，不是“溶质与溶剂之间的相互作用能”。后者应通 ...

不好意思，表达有误

。是想计算溶剂化自由能。因为之前已用B3LYP-D3/6-311G**方法对气相结构进行优化，在cosmo模型下使用PWPB95-D3/def2-QZVPP进行了能量计算。但后来了解到用SMD模型更为合适，在SMD模型下使用M06-2X/6-31G*计算能量也可以，所以就想用原来B3LYP-D3/6-311G**优化出来的气相结构，在SMD模型下用M06-2X/6-31++G**进行能量计算。现在看来这样做是错的了。

作者
Author: happyrabbit 时间: 2016-11-30 15:40
为何要改变计算方法？B3LYP-D3计算若相互作用很好啊，单点计算的时候增加弥散基组就行

作者
Author: sobereva 时间: 2016-11-30 17:59
你要计算溶剂化能，就用B3LYP-D3/6-311G**优化得到的结构，在M052X/6-31G*下用SMD溶剂模型来算就完了，这个级别是最适合结合SMD算溶解自由能的级别
用隐式溶剂模型算溶解自由能和BSSE完全没有丝毫联系

作者
Author: C41014007 时间: 2016-11-30 20:49

happyrabbit 发表于 2016-11-30 15:40
为何要改变计算方法？B3LYP-D3计算若相互作用很好啊，单点计算的时候增加弥散基组就行

因为之前看有文献中使用SMD模型计算溶剂化能的时候使用的是M06-2X/6-31++G**，所以就改了

作者
Author: sobereva 时间: 2016-12-1 14:26

C41014007 发表于 2016-11-30 20:49
因为之前看有文献中使用SMD模型计算溶剂化能的时候使用的是M06-2X/6-31++G**，所以就改了

看了SMD原文里的对比你就知道了

作者
Author: C41014007 时间: 2017-3-11 16:56

sobereva 发表于 2016-11-30 17:59
你要计算溶剂化能，就用B3LYP-D3/6-311G**优化得到的结构，在M052X/6-31G*下用SMD溶剂模型来算就完了，这个 ...

请问在用M052X/6-31G*方法计算完溶剂化自由能之后，能够直接用该方法下计算溶剂化自由能时得到的波函数文件进行波函数分析（进行静电势、AIM、RDG分析等）吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-3-11 18:35

C41014007 发表于 2017-3-11 16:56
请问在用M052X/6-31G*方法计算完溶剂化自由能之后，能够直接用该方法下计算溶剂化自由能时得到的波函数文 ...

可以。

作者
Author: C41014007 时间: 2017-3-11 18:41

sobereva 发表于 2017-3-11 18:35
可以。

好的，谢谢您！

作者
Author: qaqfdmmj 时间: 2024-10-31 10:43

sobereva 发表于 2016-11-30 17:59
你要计算溶剂化能，就用B3LYP-D3/6-311G**优化得到的结构，在M052X/6-31G*下用SMD溶剂模型来算就完了，这个 ...

sob老师，这里如果计算的是阴离子体系的话，这里6-31G*是要改成6-31+G*吗

作者
Author: sobereva 时间: 2024-10-31 13:14

qaqfdmmj 发表于 2024-10-31 10:43
sob老师，这里如果计算的是阴离子体系的话，这里6-31G*是要改成6-31+G*吗

下文明确说了，即便是阴离子体系用SMD计算溶解自由能也不该带弥散函数
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327（http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html）

作者
Author: qaqfdmmj 时间: 2024-10-31 17:29

sobereva 发表于 2024-10-31 13:14
下文明确说了，即便是阴离子体系用SMD计算溶解自由能也不该带弥散函数
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和 ...

感谢sob老师，之前是我读的不仔细

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)