计算化学公社

标题: 两相（水和有机相）分离的MD，RDF最终不是收敛到1 [打印本页]

作者
Author: zc000 时间: 2024-5-20 15:45
标题: 两相（水和有机相）分离的MD，RDF最终不是收敛到1
请教各位老师，本人做了一个两相（水和有机相）分离的MD，通过计算结果加入离子可以使水相和有机相分层，力场使用的是sob老师培训班讲义上的，然后开始做RDF，跑出来的结果如图所示，最后没有收敛到1，这是什么原因导致的，另外相关计算文件见附件

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-21 03:16
说清楚计算rdf用的命令、谁是参考组谁是被计算组、对什么状态计算的（均匀混合时还是已经相分离后）

注意看下文
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）

作者
Author: zc000 时间: 2024-5-21 08:50

sobereva 发表于 2024-5-21 03:16
说清楚计算rdf用的命令、谁是参考组谁是被计算组、对什么状态计算的（均匀混合时还是已经相分离后）

注 ...

老师，RDF的命令是gmx rdf -f md.xtc -x md.tpr -ref "name OW" -sel "name O11"，我计算的是分离之后的状态，水相中的O是参考，有机相中的O是被计算组

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-22 06:04

zc000 发表于 2024-5-21 08:50
老师，RDF的命令是gmx rdf -f md.xtc -x md.tpr -ref "name OW" -sel "name O11"，我计算的是分离之后的 ...

这是典型的算rdf没什么意义的情况，用gmx density考察就完了

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