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标题: openbabel将化合物的2D结构生成3D结构出错 [打印本页]

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Author: charmm36 时间: 2024-5-20 21:25
标题: openbabel将化合物的2D结构生成3D结构出错
各位老师，请教一下，我要将化合物的2D结构（含有1000多个化合物）转变为3D结构（命令如下）时，出现如下错误，请问怎么回事？谢谢！

(openbabel) PS E:\> obabel XXX.sdf -O XXX.sdf --gen3d
==============================
*** Open Babel Error in OpenBabel::OBBuilder::GetFragmentCoord
Rigid fragment c1cccnc1 in rigid-fragments.txt has all zero coordinates.
(openbabel) PS E:\>

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-21 02:26
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Author: charmm36 时间: 2024-5-21 15:40

sobereva 发表于 2024-5-21 02:26
上传输入文件

好的，已上传。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-22 05:58

charmm36 发表于 2024-5-21 15:40
好的，已上传。

你的命令首先就不对，输入和输出文件名显然不能相同

把sdf里的SMILES字符串提取出来，让openbabel根据SMILES去产生立体结构

作者
Author: charmm36 时间: 2024-5-22 11:05

sobereva 发表于 2024-5-22 05:58
你的命令首先就不对，输入和输出文件名显然不能相同

把sdf里的SMILES字符串提取出来，让openbabel根据 ...

实际运行时，两个XXX不一样，因此命令应该没问题。对了，请教一下，如何把sdf的SMILES字符串提取出来呢？另外，为何不能直接由sdf文件生成呢？谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-23 04:34

charmm36 发表于 2024-5-22 11:05
实际运行时，两个XXX不一样，因此命令应该没问题。对了，请教一下，如何把sdf的SMILES字符串提取出来呢？ ...

用grep、awk之类或者自己写程序提取
sdf文件里的坐标很怪

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Author: charmm36 时间: 2024-5-23 16:39

sobereva 发表于 2024-5-23 04:34
用grep、awk之类或者自己写程序提取
sdf文件里的坐标很怪

呀，程序不会呢！对了，提取smiles字符和直接将SDF格式转换为smiles有区别吗？此外,--gen3d得到的坐标可需要进一步用gaff力场优化？谢谢！

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