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标题: 请教固氮酶活性中心的铁钼硫簇模型优化SCF不收敛问题 [打印本页]

作者
Author: 高运庆 时间: 2024-5-20 21:41
标题: 请教固氮酶活性中心的铁钼硫簇模型优化SCF不收敛问题
我想对固氮酶做MD模拟，准备使用Sobtop工具得到活性中心的铁钼硫复合物的力场参数。按照Sobtop介绍页FAQ 7的方法构建了一个铁硫钼簇模型，取了铁硫钼簇（ICS）+有机配合物（HCA）+有相互作用的5个氨基酸(从骨架αC截断、加H饱和并固定)，总体系大概110个原子。随后使用高斯16对其进行优化，假定电荷为0（也尝试了带-1至-6，都不收敛），金属使用LANL2DZ赝势基组。发现SCF不收敛后，已经把《解决scf不收敛问题的方法》里的2-17条都尝试了，还是不收敛。附上pdb文件和我尝试的一个输入输出文件。
1. 本人对有机结构不够了解，也是第一次用簇模型，怀疑构建的簇有问题。想请老师帮忙看看输入结构是否有误？
2. 如果不是簇结构的问题，想请教一下对于这种含有多个铁原子的簇的优化方法或建议。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2024-5-20 22:40
多看看Serena DeBeer组的文章
这种含有大量反铁磁耦合的金属簇，必须准备片段初猜，直接算即使收敛了结果也不能用。
铁硫钼簇的电荷、自旋多重度早就有成熟结论了，直接查文献结论，不需要试

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