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标题: 跑蛋白质ATP体系模拟，gromacs限制性动力学步骤出错 [打印本页]

作者
Author: xiaoai 时间: 2024-5-20 22:16
标题: 跑蛋白质ATP体系模拟，gromacs限制性动力学步骤出错
本帖最后由 xiaoai 于 2024-5-21 14:22 编辑

按照教程尝试跑蛋白质ATP体系模拟，进行至限制性动力学gmx mdrun -v -deffnm pr报错。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-21 00:15
不要自己在标题里写难看的【gromacs报错】这种标签，这次给你改了，以后注意！

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-21 00:17
拓扑文件也没给完整，结构文件也没有，mdp也不给，根本无从判断
拓扑文件别贴截图，直接压缩后上传

作者
Author: xiaoai 时间: 2024-5-21 16:17

sobereva 发表于 2024-5-21 00:17
拓扑文件也没给完整，结构文件也没有，mdp也不给，根本无从判断
拓扑文件别贴截图，直接压缩后上传

老师，刚刚尝试将步长改为0.5fs发现mdrun不报错。想知道除了步长过长导致体系不稳定之外，我的前面拓扑文件等设置有没有其他问题

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-22 05:45

xiaoai 发表于 2024-5-21 16:17
老师，刚刚尝试将步长改为0.5fs发现mdrun不报错。想知道除了步长过长导致体系不稳定之外，我的前面拓扑文 ...

我没时间具体去检查拓扑文件
0.5 fs跑几百ps后，切换成2fs继续跑，如果又崩了，按照http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8说的检查

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