计算化学公社

标题: gromacs能不能实现类似于Gaussian程序中固定键长优化的作用？ [打印本页]

作者
Author: zhangshu 时间: 2024-5-20 22:45
标题: gromacs能不能实现类似于Gaussian程序中固定键长优化的作用？
请教一下，我有一个多金属氧酸盐体系，该体系分为壳层和内层，其中壳层是由V-O-V组成的球形结构，而内层为碳酸根。该分子带有7个负电荷和7个Li离子，我利用Gromacs程序对该类分子在进行了动力学模拟，但模拟结果显示内层的碳酸根跑到了外面。这种结果很明显是不合理的，所以我想请教一下，gromacs能不能实现类似于Gaussian程序中固定键长优化的作用？如果没有，有没有其他办法解决这个问题？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-21 00:14
不要自己在标题里手写【求助】这种标签，http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html里明确说了。这次给你改了，以后注意

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-21 00:15
明显是拓扑文件不合理所致的
用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生拓扑文件，并且要求用自动猜的谐振势，结构自然就能维持住刚性

作者
Author: zhangshu 时间: 2024-5-21 09:14

sobereva 发表于 2024-5-21 00:14
不要自己在标题里手写【求助】这种标签，http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html里明确说了。这次给 ...

好的sob老师，我下次注意

作者
Author: zhangshu 时间: 2024-5-21 09:19

sobereva 发表于 2024-5-21 00:15
明显是拓扑文件不合理所致的
用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生拓扑文件，并且要求用自动 ...

感谢老师您百忙之中的回复，我有尝试过用sobtop程序生成对应的拓扑文件，结果碳酸根还是跑出来了。我本来以为是因为没有给fchk、chg文件导致电荷、键长信息不对导致的错误，后来发现提供了这些信息也不行，所以我想问一下gromacs有没有固定键长优化这种操作？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-22 06:00

zhangshu 发表于 2024-5-21 09:19
感谢老师您百忙之中的回复，我有尝试过用sobtop程序生成对应的拓扑文件，结果碳酸根还是跑出来了。我本来 ...

当前的笼子那么小，倘若拓扑文件合理的话，碳酸根绝对不可能跑出来
注意确保给sobtop用的mol2文件里成键关系的合理性，图上可明显看到当前结构里一些该有的V-O键都没有。另外，记得产生拓扑文件时对阴离子产生，不要带着Li离子。Li单独用ions.itp描述

作者
Author: zhangshu 时间: 2024-5-22 20:15

sobereva 发表于 2024-5-22 06:00
当前的笼子那么小，倘若拓扑文件合理的话，碳酸根绝对不可能跑出来
注意确保给sobtop用的mol2文件里成键 ...

再次感谢老师您的回复，确实是因为mol2文件里成键关系导致的。我通过gaussview手动设置成键后，再模拟就不会出现跑出来的现象了。感谢老师您的帮助！

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)