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标题: （已解决）gromacs计算溶剂化自由能时结果误差较大 [打印本页]

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Author: Lance先生 时间: 2024-5-21 10:28
标题: （已解决）gromacs计算溶剂化自由能时结果误差较大
本帖最后由 Lance先生于 2024-8-23 14:50 编辑

社长，上午好，我想请教您一个问题，就是我在批量计算溶剂化自由能时，发现有些分子的结果与实验值相比总能差个4-5Kj/mol左右，这就导致整体数据的均方误差较大，不知道是哪里的原因。因为能量最小化和平衡时的.mdp文件是培训时的，且模型确定完成能量最小化和平衡，电荷采用的是RESP2（0.5）原子电荷，所以我怀疑可能是产出项的参数设置不合理，烦请您看一眼，恕学生愚钝。

作者
Author: dzdhp 时间: 2024-5-21 12:56
很正常，自建的溶剂模型表现哪有这么好。你要是怀疑参数设置不合理，拿去算算水里的自由能

作者
Author: Lance先生 时间: 2024-5-21 16:32

dzdhp 发表于 2024-5-21 12:56
很正常，自建的溶剂模型表现哪有这么好。你要是怀疑参数设置不合理，拿去算算水里的自由能

您好，因为是这样的，我最近在做机器学习预测溶剂化自由能这方面的项目，然后这边计算出来的结果就导致均方差很大，我想尽量把均方误差减小一点，我在想是不是因为插的lambda点少了，或者是需要更换水模型，当前我是用的是SPC/E水模型。那您的意思是这个误差无法减小了吗？

作者
Author: Lance先生 时间: 2024-5-21 19:39

dzdhp 发表于 2024-5-21 12:56
很正常，自建的溶剂模型表现哪有这么好。你要是怀疑参数设置不合理，拿去算算水里的自由能

而且有一个我很不能理解的点，就是他原文用的AM1-BCC电荷，TIP3P谁模型，我用的RESP2（0.5）原子电荷，SPC/E水模型，得到的结果不如人家，我就很疑惑。

作者
Author: dzdhp 时间: 2024-5-24 09:57

Lance先生发表于 2024-5-21 16:32
您好，因为是这样的，我最近在做机器学习预测溶剂化自由能这方面的项目，然后这边计算出来的结果就导致均 ...

抱歉抱歉，把你mdp里的乙醇分子当成溶剂了，脑子一时没转过来。我以为你是自建了一个乙醇溶剂体系导致的误差。你可以绘个图看看是不是窗口开少了，水模型的话现在tip3和spc都过时了，你用不太行的溶剂模型搭配比较好的resp2电荷可能不太合适，建议试一下opc3模型。

作者
Author: dzdhp 时间: 2024-5-24 10:04

Lance先生发表于 2024-5-21 19:39
而且有一个我很不能理解的点，就是他原文用的AM1-BCC电荷，TIP3P谁模型，我用的RESP2（0.5）原子电荷，SP ...

这是正常的，更好不代表更合适。sob老师是这么说的：以往的AMBER力场中大多数版本，包括2019年提出来的AMBER19SB，都是在HF/6-31G*级别下算的RESP电荷。稍有量子化学常识的人都知道HF/6-31G*非常垃圾、无法忍受。之所以HF/6-31G*下的RESP电荷还被沿用至今，是因为HF完全不能考虑电子库仑相关，这使得波函数质量很烂、体系的极性整体被一定程度高估，而这误差恰巧能一定程度表现凝聚相中溶剂对溶质的极化作用。另一方面，主要描述蛋白质和核酸的AMBER力场大多数版本都是结合着HF/6-31G*的RESP电荷拟合的力场参数，参数与电荷间有一定耦合（尤其是氨基酸的参数，稍微变变就可能导致长时间跑出来的蛋白质构象改变不少，开发者不敢轻易动），因此搞力场的人即便明知道HF/6-31G*组合如今看起来很渣，也还继续容忍着这种陋习。

作者
Author: dzdhp 时间: 2024-5-24 10:07

dzdhp 发表于 2024-5-24 09:57
抱歉抱歉，把你mdp里的乙醇分子当成溶剂了，脑子一时没转过来。我以为你是自建了一个乙醇溶剂体系导致的 ...

https://pic3.zhimg.com/80/v2-aca ... bd04d63ca_720w.webp就在这种图

作者
Author: Lance先生 时间: 2024-5-24 15:54
本帖最后由 Lance先生于 2024-5-24 16:50 编辑

dzdhp 发表于 2024-5-24 09:57
抱歉抱歉，把你mdp里的乙醇分子当成溶剂了，脑子一时没转过来。我以为你是自建了一个乙醇溶剂体系导致的 ...

好的大佬啊，能否求一个水的opc拓扑，我这没有，谢谢您了

作者
Author: Lance先生 时间: 2024-5-24 15:58

dzdhp 发表于 2024-5-24 10:07
https://pic3.zhimg.com/80/v2-aca4b6eab79e6fb46ff00ffbd04d63ca_720w.webp就在这种图

这图没看到过，我之前是把每一个lambda点下的自由能平均数值拿出来，然后画图看看是否平滑，我导师说这样好像是不对。那这个图应该怎么搞，可以指点一下吗，大佬？实在是感谢您了。

作者
Author: dzdhp 时间: 2024-5-25 13:57

Lance先生发表于 2024-5-24 15:54
好的大佬啊，能否求一个水的opc拓扑，我这没有，谢谢您了

用这个

作者
Author: dzdhp 时间: 2024-5-25 14:06

Lance先生发表于 2024-5-24 15:58
这图没看到过，我之前是把每一个lambda点下的自由能平均数值拿出来，然后画图看看是否平滑，我导师说这样 ...

alchemical_analysis，用的是这个脚本，很老的一个，之前在GitHub上面看到貌似是更新了，换了个名字，不记得叫什么，你搜搜看。

作者
Author: Lance先生 时间: 2024-5-25 16:01

dzdhp 发表于 2024-5-25 14:06
alchemical_analysis，用的是这个脚本，很老的一个，之前在GitHub上面看到貌似是更新了，换了个名字，不 ...

好的，谢谢大佬了，我试试

作者
Author: Lance先生 时间: 2024-5-25 16:01

dzdhp 发表于 2024-5-25 13:57
用这个

好的大佬，实在感谢您了

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