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标题: 蛋白质配体体系模拟步骤求助 [打印本页]

作者
Author: xiaoai 时间: 2024-5-21 19:17
标题: 蛋白质配体体系模拟步骤求助
本帖最后由 xiaoai 于 2024-5-22 10:18 编辑

学习科音gromacs培训班课程发现有学到npt与nvt的区别。看到课程里蛋白质体系模拟和蛋白质配体体系模拟都没有用到npt平衡，都是正常做了限制性动力学和常规动力学之后分析。
请问：什么情况或者什么需求时需要用到npt平衡，这部分内容在哪部分学习，麻烦各位老师指点方向。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-21 23:59
没人知道你说的“课程”指什么，仔细看下文
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）

划分成平衡相和产生相本来就不是绝对需要的，完全可以简化成一个模拟，监控各种参数判断什么时候达到了平衡，把之后的轨迹当平衡相用
只不过传统用的压浴一般是Berendsen和PR，分别适合平衡相和产生相。如今gromacs里有了c-rescale压浴，同时可以用于这两个过程，所以不再绝对需要分成两个任务分别跑。

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