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标题: 关于构建复杂金属蛋白力场参数的疑问 [打印本页]

作者
Author: Blake 时间: 2024-5-22 01:07
标题: 关于构建复杂金属蛋白力场参数的疑问
本帖最后由 Blake 于 2024-5-22 01:09 编辑

各位老师好！

我最近在研究具有双核锰配位结构的金属蛋白的分子动力学模拟，以分析此结构周围的氢键网络作用，PDB数据库中已有想要研究的晶体结构（1JKU）。此前了解到金属离子的配位相互作用会影响到模拟的准确度，感觉直接通过charmm36-jul2022.ff中的金属离子的参数进行模拟应该不可行。虽然也看到有一些文献补充了配位金属离子的力场参数，但是因为想要研究的体系的配位相互作用较为复杂，如图所示包含Mn(III)-残基配位、Mn(III)-氧（H2O）配位，并且在多种配位作用下最终形成了稳定的双核锰配位结构，所以感觉还是有些困难。

想请教一下这样的配位作用应该如何处理呢？是否可以通过找具有Lennard-Jones 12-6 Potential的Mn(III)的模型参数来解决？如果可以这样做的话，请问是否有较优的力场参数文献推荐？或者还是更建议通过Sobtop直接对核心的Mn2(O)(OH)结构进行拓扑文件的生成？然而依然有顾虑在于核心的Mn2(O)(OH)结构并不是一个常规的配体分子。

困惑已久，期望得到各位老师的解答，谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-22 05:34
参数在于两方面，一方面是LJ参数，一方面是bonded相关参数。LJ参数用UFF的凑合没明显问题。配位区域通常是刚性的，直接用sobtop自动猜参数（即平衡键长/键角对应当前输入结构，力常数自动分配个大小适中的）就能在动力学模拟过程中维持刚性结构。

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