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标题: 求助算界面形成能时候遇到的问题 [打印本页]

作者
Author: 呀芽芽 时间: 2024-5-22 09:24
标题: 求助算界面形成能时候遇到的问题
大家好，我是做表面活性剂在油水界面上的分子动力学模拟的。我的体系是油水油模型，我想算界面形成能，需要算一个表面活性剂在真空中的能量，但是算这个的时候会报错。我先用Packmol构建模拟盒子，里面只放一个表面活性剂，但是出来的模型是表面活性剂在盒子外面，如下图1。然后我就用editconf直接在GROMACS定义盒子，这次表活在盒子里，如下图2。然后做了能量最小化和nvt模拟，接着跑md，但是md跑到一半就会报错，报错如下图3。附上我的em、nvt和md的mdp文件。后来我又按照科音培训班课件讲的真空模型得把md.mdp文件里所有关于压力的设定删掉，然后用了培训班老师给的em.mdp文件(把integrator =cg改成steep，因为我们实验室的显卡不支持双精度)，跑了以后还是同样的报错。

作者
Author: 呀芽芽 时间: 2024-5-24 16:47
来个老师回复我一下吧，这个问题还没解决掉

作者
Author: xishaofan 时间: 2025-5-28 18:02
求助贴主，请问一下解决了嘛，我的体系也是“油-表面活性剂-水”进行分子动力学模拟，计算界面形成能需要E_total，E_decane-water和E_surfactant，你的这步是通过计算一个表面活性剂在真空中的能量去得到E_surfactant吗？你怎么解决这个报错的呀？

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