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标题: 用pymol看轨迹文件时，蛋白质的三条肽链中的一条分离又结合，分离又结合是为什么？ [打印本页]

作者
Author: Willow0114 时间: 2024-5-22 10:05
标题: 用pymol看轨迹文件时，蛋白质的三条肽链中的一条分离又结合，分离又结合是为什么？
当我看整个轨迹文件时发现我的蛋白质有一些情况，有几个疑问：
1.我的蛋白质I型胶原（collagen），是由三条肽链组成的，其中一条肽链时而分离时而结合是为什么？是代表本身的性质吗？
2.如果不是，应该怎样做出调整？是在输入的pdb文件里做调整吗？还是通过gromacs里的某个命令？
3.如果是，是为什么会出现这样的原因？应该从哪几个角度进行分析呢（比例氢键）？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-22 10:54
强烈建议用VMD看轨迹
在VMD里把盒子显示出来，弄清楚是不是跨了盒子

作者
Author: Willow0114 时间: 2024-5-22 15:09
本帖最后由 Willow0114 于 2024-5-22 15:45 编辑

您好，我看了，确实是跨盒子了。但是这已经是我用-pbc mol -center （蛋白质）处理过的了。我如果用 -pbc atom处理后，会显示很多乱线。用-pbc res处理的也会出现错误的线条。那我应该怎么处理呢？

作者
Author: yeatshitomi 时间: 4 day ago
老师您好，我最近也在做胶原相关的模拟，遇到了一样的问题，请问这个老师解决了吗？跪求老师的解决方法

作者
Author: student0618 时间: 4 day ago

yeatshitomi 发表于 2026-4-9 12:33
老师您好，我最近也在做胶原相关的模拟，遇到了一样的问题，请问这个老师解决了吗？跪求老师的解决方法

先用gmx trjconv -pbc cluster处理轨迹

作者
Author: yeatshitomi 时间: 4 day ago

student0618 发表于 2026-4-9 14:40
先用gmx trjconv -pbc cluster处理轨迹

按照老师的方法解决了，非常感谢！

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