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标题: vmd显示轨迹文件的二级结构出错 [打印本页]

作者
Author: lxhpdx 时间: 2024-5-22 15:20
标题: vmd显示轨迹文件的二级结构出错
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使用gmx trjconv将蛋白和配体xtc轨迹提出，然后用pymol将pr.gro文件删除水分子以及平衡电荷的Na并保存为pdb，将轨迹导入之后，无法判定二级结构。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-22 15:22
毫无理由牵扯到pymol
轨迹文件用trjconv保留哪些部分，gro文件也用trjconv处理保留哪些部分，使得新的gro和新的轨迹文件对应。之后VMD直接载入gro文件、轨迹文件就完了。

作者
Author: lxhpdx 时间: 2024-5-22 17:27

sobereva 发表于 2024-5-22 15:22
毫无理由牵扯到pymol
轨迹文件用trjconv保留哪些部分，gro文件也用trjconv处理保留哪些部分，使得新的gro ...

(, 下载次数 Times of downloads: 14)
老师这边显示不能单独处理结构文件。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-23 03:00

lxhpdx 发表于 2024-5-22 17:27
老师这边显示不能单独处理结构文件。

加上-s指定tpr文件

作者
Author: lxhpdx 时间: 2024-5-23 08:36

sobereva 发表于 2024-5-23 03:00
加上-s指定tpr文件

问题已解决谢谢老师

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