计算化学公社

标题: 离子液体之间相互作用能计算问题 [打印本页]

作者
Author:
whtu    时间: 2016-12-1 21:18
标题: 离子液体之间相互作用能计算问题
各位好。      我想用Gaussian在MP2/6-311++G(d,p)水平下计算Methanol与1-Hexyl-3-Methylimidazolium Bis(Trifluoromethylsulfonyl)Imide离子液体之间的相互作用能,不知道是否有必要将BSSE、色散校正、零点能校正都考虑进去?

      谢谢。

作者
Author:
1130240115    时间: 2016-12-1 21:34
此贴中的讨论应该对你有用http://bbs.keinsci.com/thread-574-1-1.html
作者
Author:
sobereva    时间: 2016-12-1 23:17
色散校正是对DFT、HF、半经验而言的,对MP2哪有色散校正
MP2已经能粗略表现色散作用
MP2来算这个很不划算,用M06-2X-D3结合6-311+G**或更好的ma-TZVP强得多,看
乱谈DFT-D
http://sobereva.com/83

考虑BSSE问题有益但非必须

理论研究相互作用能不需要考虑热力学校正量,如果和实验对比需要考虑
作者
Author:
1130240115    时间: 2016-12-2 00:06
老师,如果理论研究在溶剂化效应下的相互作用能,也不需要考虑热力学校正量吗?
作者
Author:
whtu    时间: 2016-12-2 10:46
sobereva 发表于 2016-12-1 23:17
色散校正是对DFT、HF、半经验而言的,对MP2哪有色散校正
MP2已经能粗略表现色散作用
MP2来算这个很不划算 ...

谢谢sob老师。另外我想问问Gaussian的计算是在什么条件下计算的,298.15K? 常压?气相还是液相?如果想更接近实际,计算相互作用能又该怎么考虑?
作者
Author:
whtu    时间: 2016-12-2 10:46
1130240115 发表于 2016-12-1 21:34
此贴中的讨论应该对你有用http://bbs.keinsci.com/thread-574-1-1.html

很有帮助,谢谢。
作者
Author:
sobereva    时间: 2016-12-2 15:16
1130240115 发表于 2016-12-2 00:06
老师,如果理论研究在溶剂化效应下的相互作用能,也不需要考虑热力学校正量吗?

还是看你是纯理论方式研究还是想和实验相对比
溶剂条件下的情况当然要用溶剂模型
作者
Author:
sobereva    时间: 2016-12-2 15:16
whtu 发表于 2016-12-2 10:46
谢谢sob老师。另外我想问问Gaussian的计算是在什么条件下计算的,298.15K? 常压?气相还是液相?如果想更 ...


单点计算相当于真空,且不考虑分子有平动转动振动之类行为
做freq计算时,默认把体系当做常温常压下理想气体分子处理,并且考虑分子内振动,从而计算热力学校正量
作者
Author:
1130240115    时间: 2016-12-2 16:31
老师,我的模型是简化模型,无法与实验对比,只是想通过理论论证一下对一个物质改性后对离子吸附的促进作用(为实验定性地提供理论支撑)。那我不考虑热力学校正量,只是在溶剂化效应下计算单点能之差就可以比较了吗?谢谢老师。
作者
Author:
whtu    时间: 2016-12-2 22:01
sobereva 发表于 2016-12-2 15:16
单点计算相当于真空,且不考虑分子有平动转动振动之类行为
做freq计算时,默认把体系当做常温常压下理 ...

谢谢sob老师。那么如果Gaussian算的是binding energy,这个能量是不是就没法很好的表示液相中methanol与离子液体的中两个分子的相互作用能了?
作者
Author:
sobereva    时间: 2016-12-4 00:26
1130240115 发表于 2016-12-2 16:31
老师,我的模型是简化模型,无法与实验对比,只是想通过理论论证一下对一个物质改性后对离子吸附的促进作用 ...

这种情况,只计算单点能之差只能算是个近似考虑,毕竟还是要和实际问题挂钩,计算资源足够的话应该用热力学量
作者
Author:
sobereva    时间: 2016-12-4 00:27
whtu 发表于 2016-12-2 22:01
谢谢sob老师。那么如果Gaussian算的是binding energy,这个能量是不是就没法很好的表示液相中methanol与 ...

不能说“Gaussian算的是binding energy”,而是你想用高斯算什么就能算什么
对于考察你的问题,在隐式溶剂模型下计算
作者
Author:
1130240115    时间: 2016-12-4 08:03
谢谢老师解答。
作者
Author:
1130240115    时间: 2016-12-4 08:11
本帖最后由 1130240115 于 2016-12-5 07:44 编辑

老师这种在溶剂化效应下的热力学量是指吉布斯自由能变?
作者
Author:
sobereva    时间: 2016-12-4 21:51
1130240115 发表于 2016-12-4 08:11
老师这种在溶剂滑行效应下的热力学量是指吉布斯自由能变?

什么叫滑行效应?
作者
Author:
1130240115    时间: 2016-12-5 16:55
老师,抱歉。打错了,是溶剂化效应,已改正过来。
作者
Author:
sobereva    时间: 2016-12-6 00:36
1130240115 发表于 2016-12-4 08:11
老师这种在溶剂化效应下的热力学量是指吉布斯自由能变?

气相下那些热力学量在溶剂下都能算
但通过隐式溶剂模型,能严格算的只有溶剂下的自由能,而溶剂下的焓只是近似的
作者
Author:
1130240115    时间: 2016-12-8 16:55
谢谢老师。如果严格计算,应该计算吉布斯自由能。我看文献一般用吉布斯自由能变计算反应的活化能,或者根据吉布斯自由能变判断过程是否能自发进行。也有通过吉布斯自由能变计算平衡常数。但是不知道用吸附前后的吉布斯自由能变能否表示吸附的强弱。
作者
Author:
sobereva    时间: 2016-12-8 17:44
1130240115 发表于 2016-12-8 16:55
谢谢老师。如果严格计算,应该计算吉布斯自由能。我看文献一般用吉布斯自由能变计算反应的活化能,或者根据 ...

可以
作者
Author:
1130240115    时间: 2016-12-8 18:50
谢谢老师。
作者
Author:
whtu    时间: 2016-12-19 09:45
sobereva 发表于 2016-12-4 00:27
不能说“Gaussian算的是binding energy”,而是你想用高斯算什么就能算什么
对于考察你的问题,在隐式溶 ...

谢谢sob老师。我想请问一下,在隐式溶剂模型下计算,溶剂该怎么选择?
1)在单一组分下,如Methanol(在高薪里面溶剂选methanol)、离子液体(在高斯里面则需自己定义介电常数等)?
2)在混合条件下,如Methanol+离子液体,这个时候在高斯里面又怎么选溶剂?而且混合还有不同配比的情况?
作者
Author:
wbn    时间: 2016-12-19 10:41
whtu 发表于 2016-12-19 09:45
谢谢sob老师。我想请问一下,在隐式溶剂模型下计算,溶剂该怎么选择?
1)在单一组分下,如Methanol(在 ...

高斯里面的ionic模型结果比较扯淡,单一离子液体的话你选acetonitrile就行了
作者
Author:
whtu    时间: 2016-12-19 12:40
wbn 发表于 2016-12-19 10:41
高斯里面的ionic模型结果比较扯淡,单一离子液体的话你选acetonitrile就行了

谢谢。我想问一下单一离子液体的话选acetonitrile,这是基于什么考虑的?
作者
Author:
wbn    时间: 2016-12-19 23:01
whtu 发表于 2016-12-19 12:40
谢谢。我想问一下单一离子液体的话选acetonitrile,这是基于什么考虑的?

它们的极化率比较相似,因此溶质分子在离子液体中实际感受岛的介电常数应该与acetonitrile比较相似,而不是离子液体测得的介电常数,which含有ionic特性的影响
作者
Author:
whtu    时间: 2016-12-21 09:38
wbn 发表于 2016-12-19 23:01
它们的极化率比较相似,因此溶质分子在离子液体中实际感受岛的介电常数应该与acetonitrile比较相似,而不 ...

谢谢。那如果是两者混合的情况下有怎么考虑呢?
作者
Author:
wbn    时间: 2016-12-21 12:35
whtu 发表于 2016-12-21 09:38
谢谢。那如果是两者混合的情况下有怎么考虑呢?

不知道
作者
Author:
易兰0053    时间: 2018-8-4 17:33
sobereva 发表于 2016-12-4 00:27
不能说“Gaussian算的是binding energy”,而是你想用高斯算什么就能算什么
对于考察你的问题,在隐式溶 ...

老师,不是说离子液体不适合隐式溶剂模型吗?
在计算溶质与离子液体相互作用能的时候,是否可以在溶质的周围放几个离子液体,同时也设定SMD溶剂模型的各种参数,这样计算出来的相互作用能是不是更准确?
作者
Author:
sobereva    时间: 2018-8-5 03:24
易兰0053 发表于 2018-8-4 17:33
老师,不是说离子液体不适合隐式溶剂模型吗?
在计算溶质与离子液体相互作用能的时候,是否可以在溶质的 ...


是。准确得多
作者
Author:
sobereva    时间: 2018-8-6 05:57
易兰0053 发表于 2018-8-4 17:33
老师,不是说离子液体不适合隐式溶剂模型吗?
在计算溶质与离子液体相互作用能的时候,是否可以在溶质的 ...

也有专门对离子液体用的隐式溶剂模型,结果也还不错,有兴趣可参考
J. Phys. Chem. B 2012, 116, 9122−9129
作者
Author:
易兰0053    时间: 2018-8-6 08:51
sobereva 发表于 2018-8-6 05:57
也有专门对离子液体用的隐式溶剂模型,结果也还不错,有兴趣可参考
J. Phys. Chem. B 2012, 116, 9122&# ...

嗯,我学习学习。非常感谢sob老师!




欢迎光临 计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/) Powered by Discuz! X3.3