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标题: gmx_MMPBSA结合能波动大以及分解残基出现配体求助 [打印本页]

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Author: 艾小野 时间: 2024-5-23 17:39
标题: gmx_MMPBSA结合能波动大以及分解残基出现配体求助
本帖最后由艾小野于 2024-5-23 22:02 编辑

我目前也是在用gmx_MMPBSA来分析蛋白质和配体之间的结合能分析，MD模拟中蛋白质是用的Amber14sb_parmbsc力场做的，小分子用的Sobtop的GAFF力场生成文件，在mpirun的时候报错显示"Could not find amber14sb_parmbsc.ff/forcefield.itp",想请教各位老师前辈们有遇到过这种情况嘛，解决的良策？

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目前已经找到解决办法了，根据github上gmx_mmpbsa的对topol输入文件要求：topol文件中涉及到的itp文件都必须在同一目录下，同时需要名称一致。
这是我能量计算之后的总能量波动图，想请教各位老师前辈们这个情况是不是需要继续续跑，使得这个能量图红线尽量在一个直线？如此才能对比不同复合物的稳定结合能才有意义？
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此外我还进行了结合能的分解，在mmpbsa.in参数文件中把print_res="within 10",但是结果却显示出现了B:MOL 279 ，已知我的蛋白是有278个残基，想请教这里的279是指整个配体嘛？此外如果想排除
配体的话应该如何修改参数的print语句呢？这里出现配体，并且对结合能贡献很大，感觉很奇怪，想问这种情况正常吗？
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