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标题: 过渡态势能图的疑问 [打印本页]

作者
Author: 286792125 时间: 2016-12-1 22:32
标题: 过渡态势能图的疑问
本帖最后由 286792125 于 2016-12-2 16:01 编辑

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各位老师好，有个关于过渡态势能的疑问想请教各位老师。

具体如下图：0是反应物，56是找到的过渡态的单点能，54是优化过渡态结构后的单点能，70是我把两个部分分别优化后加起来的能量。
为什么在找到过渡态后，产物分离开后优化后的能量（70）要远远大于在一起优化的能量（54）和过渡态的能量（56）？
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还是说在54和70之间还有一个过渡态（如果有，这样的过渡态该怎么找啊）？非常感谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2016-12-1 23:21
因为两个产物单体之间有很强的相互作用能（氢键），所以形成复合物能量降低很多
当然前提一定是当前用的计算级别能够合理描述氢键作用

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2016-12-2 02:28
右上角如此扭曲的结构是什么东西？一个dipole？这真的是全局最小的结构？

作者
Author: 286792125 时间: 2016-12-2 09:16

sobereva 发表于 2016-12-1 23:21
因为两个产物单体之间有很强的相互作用能（氢键），所以形成复合物能量降低很多
当然前提一定是当前用的计 ...

感谢sob老师回复，我这个体系是-1价，用的是B3LYP 6-31g+d算的。
还想问一下老师，这个氢键的断裂，从54-70之间还要再找过渡态吗？这样的势能图合理吗？

作者
Author: 286792125 时间: 2016-12-2 09:20

liyuanhe211 发表于 2016-12-2 02:28
右上角如此扭曲的结构是什么东西？一个dipole？这真的是全局最小的结构？

李老师，这个是质谱打碎后丢掉的中性碎片，优化后的结构真的是这样的。

作者
Author: zyj19831206 时间: 2016-12-2 12:04
我用dmol计算的过渡态能量怎么才16点多，不知道是不是设置错了。。

作者
Author: zyj19831206 时间: 2016-12-2 12:06

zyj19831206 发表于 2016-12-2 12:04
我用dmol计算的过渡态能量怎么才16点多，不知道是不是设置错了。。

不知道为啥虚频这么多，反应物和产物我都优化了，感觉dmol的确没有gaussian准。。。

作者
Author: 286792125 时间: 2016-12-2 13:57

zyj19831206 发表于 2016-12-2 12:04
我用dmol计算的过渡态能量怎么才16点多，不知道是不是设置错了。。

你是也算了一遍吗？太感谢了！
我算的这个反应物是：
      反应物  -437.5252    0
      TS    -437.4358    56
      产物    -437.4381    54
产物分开加和  -437.4129 70
过渡态就一个虚频
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我看文献里没有分开后的产物加和比过渡态还高的，不知道这样算对不对。

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2016-12-2 14:11

286792125 发表于 2016-12-2 09:20
李老师，这个是质谱打碎后丢掉的中性碎片，优化后的结构真的是这样的。

可否提供一下它的输出文件，我很好奇

作者
Author: 286792125 时间: 2016-12-2 16:02

liyuanhe211 发表于 2016-12-2 14:11
可否提供一下它的输出文件，我很好奇

已经传上了，李老师

作者
Author: helpme 时间: 2016-12-2 16:39
各个部分的电荷，多重度怎么设置的？是否合理？

作者
Author: zyj19831206 时间: 2016-12-2 23:30
本帖最后由 zyj19831206 于 2016-12-3 00:26 编辑

286792125 发表于 2016-12-2 13:57
你是也算了一遍吗？太感谢了！
我算的这个反应物是：
反应物 -437.5252 0

这些数据的单位是什么？hartree?56和54以及70的单位是什么？算了几次都有那些虚频，DMOL给出的数据跟GAUSSIAN差别那么大啊。

作者
Author: Bryan 时间: 2016-12-3 21:54
我有个问题想请教楼主，计算该反应逆向进行时反应的势垒是用70-56还是54-56？

作者
Author: 灰飞的旋律 时间: 2016-12-3 22:02

Bryan 发表于 2016-12-3 21:54
我有个问题想请教楼主，计算该反应逆向进行时反应的势垒是用70-56还是54-56？

后者呀

作者
Author: kevin 时间: 2016-12-5 23:10

sobereva 发表于 2016-12-1 23:21
因为两个产物单体之间有很强的相互作用能（氢键），所以形成复合物能量降低很多
当然前提一定是当前用的计 ...

请问sob老师氢键的计算合理的基组和方法有哪些推荐？
我的体系里有很多氢键，目前用的是B3LYP/6-31G*优化结构和进行频率分析，然后用m062x/def2tzvp算单点。我在您的帖子里看到弥散函数好像对氢键计算是有益的。我是该在优化结构时就加弥散呢？还是算单点加弥散就好？
谢谢sob老师

作者
Author: sobereva 时间: 2016-12-6 00:27

kevin 发表于 2016-12-5 23:10
请问sob老师氢键的计算合理的基组和方法有哪些推荐？
我的体系里有很多氢键，目前用的是B3LYP/6-31G*优 ...

合适的级别这里提了
乱谈DFT-D
http://sobereva.com/83
大体系弱相互作用计算的解决之道
http://sobereva.com/214

优化不用弥散，用3-zeta基组足矣。单点时候再给重原子加弥散

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