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标题: 对于质子化的分子，建模的时候可以直接往相应的原子上直接加上一个H+吗 [打印本页]

作者
Author: xiao_buaa 时间: 2024-5-24 15:50
标题: 对于质子化的分子，建模的时候可以直接往相应的原子上直接加上一个H+吗
求问各位老师，我想研究一个带氨基-NH2的分子，盐酸质子化之后和氧化石墨烯之间的吸附行为，对于这种质子化的分子进行分子动力学模拟，哪一种方式更合理呢？
1.建模的时候可以直接用往相应的原子上直接加上一个H+，生成一个新的分子，然后在水模型中和GO复合；
2.原始的分子，在含H+和Cl-离子的溶液中和GO复合。
对于第一种方式，听老师说过好像不太可行，因为没有相应的势函数参数，但是在autoff中可以直接导出，不知道是否可靠；
对于第二种方式，感觉更符合现实，但是不知道是否能让这个氨基分子和H+复合带正电，再能和GO静电吸附结合上。
请教各位老师，谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-24 16:40
可以用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生质子化的分子的拓扑文件

作者
Author: xiao_buaa 时间: 2024-5-25 10:46

sobereva 发表于 2024-5-24 16:40
可以用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生质子化的分子的拓扑文件

请问sob老师，用sobtop能输出质子化分子相对应的力场参数吗

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-25 10:51

xiao_buaa 发表于 2024-5-25 10:46
请问sob老师，用sobtop能输出质子化分子相对应的力场参数吗

可以，诸如质子化水、铵根阳离子等都可以用sobtop顺利创建

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