计算化学公社

标题: 求助：重复购买资料中截断能收敛性测试实例时调用MPI并行出错 [打印本页]

作者
Author: dahai7719 时间: 2024-5-25 16:49
标题: 求助：重复购买资料中截断能收敛性测试实例时调用MPI并行出错
卢老师和各位大神您们好，我是购买CP2K资料自学，在重复截断能收敛性测试实例（用cutconv.sh 和 relconv.sh两个脚本测试资料文件SP\convtest\SiC_cutconv\下的cutconv.inp时），MPI无法调用，显示：
MPI_ABORT was invoked on rank 0 in communicator MPI_COMM_WORLDwith errorcode 1.

NOTE: invoking MPI_ABORT causes Open MPI to kill all MPI processes.
You may or may not see output from other processes, depending on
exactly when Open MPI kills them.

我用的是Rocky9.3, 最大核数32核，每个任务用8核跑，（nproc_per_calc=8 ；nproc_to_use=32 ）这个设置对做K点收敛性（脚本kpconv.sh测试K点输入文件）的时候都没有问题，但是做这个cutoff 收敛性测试就会出这样的错误，没有搜到相关的针对性的解决办法，望老师指点，谢谢！

作者
Author: dahai7719 时间: 2024-5-25 21:53
老师这个问题解决了，就是把原来输入文件里面的 MAX_SCF 1 改为128就可以，如果用比较小的1 或者2，3 都会出现同样的错误，按道理来说做SCF的轮数不应该对并行核数的调用产生直接影响，但是确实就是不行，想不通是什么逻辑，还望老师能够解惑，谢谢!

作者
Author: Graphite 时间: 2024-5-25 23:02
这个纯粹是并行编程的问题，进程间负载不均衡、数据不同步等都有可能造成。SCF计算的任务分解也不止一种方式。对于小任务最简单的办法是减少核数或增加SCF圈数，拉长总计算时间，使各个进程负载均衡、通信一致。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-26 04:33
我这里用的时候没有发现过此问题。看输出文件里其它信息判断。如果并行环境正常、脚本用法正确的话，原理上MAX_SCF不会产生这种影响。

作者
Author: dahai7719 时间: 2024-5-26 07:49

Graphite 发表于 2024-5-25 23:02
这个纯粹是并行编程的问题，进程间负载不均衡、数据不同步等都有可能造成。SCF计算的任务分解也不止一种方 ...

谢谢解惑！

作者
Author: dahai7719 时间: 2024-5-26 07:50

sobereva 发表于 2024-5-26 04:33
我这里用的时候没有发现过此问题。看输出文件里其它信息判断。如果并行环境正常、脚本用法正确的话，原理上 ...

谢谢老师解惑！

作者
Author: spinel 时间: 2025-1-3 10:02

dahai7719 发表于 2024-5-25 21:53
老师这个问题解决了，就是把原来输入文件里面的 MAX_SCF 1 改为128就可以，如果用比较小的1 或者2，3 都会 ...

感谢大佬，我也遇到了相同的问题，改为128后已经正常运行

作者
Author: spinel 时间: 2025-1-3 23:59
请问各位老师，我也是在运行这个阶段能收敛性测试脚本的时候，脚本成功运行完成了每个文件夹中的inp文件，但是最后无法成功输出CUTOFF.txt，报错如图，请问各位知道如何解决吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-1-4 02:19
遇到问题的，在&SCF里加上IGNORE_CONVERGENCE_FAILURE T，否则对于较新CP2K版本，到达MAX_SCF时如果没收敛就会报错

作者
Author: sobereva 时间: 2025-1-4 02:20

spinel 发表于 2025-1-3 23:59
请问各位老师，我也是在运行这个阶段能收敛性测试脚本的时候，脚本成功运行完成了每个文件夹中的inp文件， ...

凭这些无法判断。先确保按我9L说的做了，并且确保能正常运行培训里的SiC的CUTOFF收敛性测试。如果我的例子都可以，去检查你的测试里的out文件末尾看是否有什么异常

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)