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标题: 如果生成石墨烯炭层的itp和top文件？ [打印本页]

作者
Author: Dreamer1 时间: 2024-5-25 22:52
标题: 如果生成石墨烯炭层的itp和top文件？
老师好，我这里想做石墨烯炭层相关的分子动力学模拟，现在已经通过vmd生成了石墨烯炭层的gro和pdb文件（下面附上石墨烯炭层的图片，石墨烯尺寸5nm*5nm）。下一步我想生成石墨烯炭层的itp和top文件，现在有三个问题需要请教老师：（1）石墨烯炭层这样的较大的结构用什么力场合适？（我看有些地方说用oplsaa力场，我不确定gaff力场是否可以）（2）如果gaff力场可以的话，我按照sobtop程序的做法去创建top和itp文件，需要用到fchk文件，那么我就要对石墨烯炭层进行几何优化，而石墨烯炭层的结构很大，几何优化需要花费很多时间，那我用3-21G去优化，是不是会更快一点，这样的想法是否可以？（3）以上两个问题是我的一点想法，不知道老师是否有更好更高效的办法？
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作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-26 04:20
GAFF力场，用ca原子类型，完全合适

我很纳闷怎么总有人以为用sobtop创建拓扑文件非得做振动分析、提供fch文件，http://sobereva.com/soft/Sobtop第一个例子一开头就写得明明白白

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仔细把sobtop网页里“产生碳纳米管的GROMACS拓扑文件”的例子看了

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