计算化学公社

标题: Orca计算出的S1和T1的结果能用于Fcclasses3中算系间窜越速率吗？ [打印本页]

作者
Author: tianmafei 时间: 2024-5-26 07:40
标题: Orca计算出的S1和T1的结果能用于Fcclasses3中算系间窜越速率吗？
各位老师好！
我需要用Fcclasses3计算出S1和T1之间的系间窜越速率，可以先用G16对S1和T1分别做优化和振动分析，拿各自的fchk文件在Fcclasses3中转化为fcc。我想规避g16的版权，就用Orca也对S1和T1在相同的计算水平下做了优化和振动分析，Orca的结果能在Fcclasses3中转化为fcc格式吗？具体应如何做？请大神们指导帮助，谢谢啦！

作者
Author: cokie 时间: 2024-5-26 09:40
本帖最后由 cokie 于 2024-5-26 10:36 编辑

可以

_____________

没注意到你后面你的问题，你怎么用fcclasses 转化 fchk文件，就怎么用它去转化 ORCA 的 HESS文件，其他没有任何区别

作者
Author: wzkchem5 时间: 2024-5-26 14:30
可以是可以，但是ORCA自己就能算ISC速率，没必要多此一举用Fcclasses3

作者
Author: 风起~ 时间: 2024-5-26 20:06

cokie 发表于 2024-5-26 09:40
可以

_____________

请问一下 Fcclasses3计算怎么将Duschinsky矩阵设置为单位矩阵呀

作者
Author: tianmafei 时间: 2024-5-27 08:03

wzkchem5 发表于 2024-5-26 14:30
可以是可以，但是ORCA自己就能算ISC速率，没必要多此一举用Fcclasses3

王老师您好！
我使用Orca对S1优化和振动分析时用TD-DFT的方法，对T1优化和振动分析时用UKS的方法，这样能不能在Orca中计算系间窜越，或在fcclasses3中计算系间窜越？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2024-5-27 17:55

tianmafei 发表于 2024-5-27 01:03
王老师您好！
我使用Orca对S1优化和振动分析时用TD-DFT的方法，对T1优化和振动分析时用UKS的方 ...

可以。不管是ORCA还是FCclasses，对结构优化和振动分析的理论级别都没有要求，但是SOC必须是用TDDFT等方法算，而不能用UKS算

作者
Author: qian. 时间: 2024-11-12 09:31
你好，请问你算出来系间窜越速率了吗，可以看看你的fcc.inp文件吗？想计算这个速率，但是报错了

作者
Author: cokie 时间: 2024-11-12 18:20

qian. 发表于 2024-11-12 09:31
你好，请问你算出来系间窜越速率了吗，可以看看你的fcc.inp文件吗？想计算这个速率，但是报错了

建议展示FCC的输入文件和报错

作者
Author: qian. 时间: 2024-11-29 09:59

cokie 发表于 2024-11-12 18:20
建议展示FCC的输入文件和报错

我的输入文件是这样的：
$$$
PROPERTY    = NR0 ; OPA/EMI/ECD/CPL/RR/TPA/TPCD/MCD/IC/NRSC
MODEL       = AH ; AS/ASF/AH/VG/VGF/VH
NR0_COUPL = 4.655E-3  ; Spin-orbit coupling integral in a.u.
TEMP       = 298.15 ; (temperature in K)
DE       = 0.197  ; (adiabatic/vertical energy in eV. By default, read from state files)
BROADFUN    = GAU  ; GAU/LOR/VOI
HWHM       = 0.06 ; (broadening width in eV)
METHOD    = TD ; TI/TD
ROT       = 1 ;Rotate state 1
FORCE_REAL =  YES
;VIBRATIONAL ANALYSIS
NORMALMODES  = COMPUTE ; COMPUTE/READ/IMPLICIT
COORDS    = CARTESIAN ; CARTESIAN/INTERNAL
;INPUT DATA FILES
STATE1_FILE  = au4-s1-f-1.fcc
STATE2_FILE  = au4-T1-f-1.fcc
报错如下：
NOTE: The calculation for this State will assume non-stationary point since the gradient
   is not negligible (maximum atomic gradient: 0.000773 a.u.)
============================================
FATAL ERROR: Non-zero gradient on State2 with Adiabatic model
============================================

作者
Author: cokie 时间: 2024-11-29 11:48
本帖最后由 cokie 于 2024-11-29 11:50 编辑

qian. 发表于 2024-11-29 09:59
我的输入文件是这样的：
$$$
PROPERTY = NR0 ; OPA/EMI/ECD/CPL/RR/TPA/TPCD/MCD/IC/NRSC

看报错，可能是你State2没有优化到FCclasses认定的极小点附近（有非零梯度，也可能是有虚频）
另外我看你用了FORCE_REAL = YES，体系内是有虚频吗？如果有，这种转换也经常导致报错

作者
Author: qian. 时间: 2024-12-2 11:15

cokie 发表于 2024-11-29 11:48
看报错，可能是你State2没有优化到FCclasses认定的极小点附近（有非零梯度，也可能是有虚频）
另外我看 ...

是的，体系有虚频，想忽略掉虚频来着。原来是这个样子，我知道了。那我想问一下，如果是有非零梯度，该怎么去解决这个问题呢？谢谢你的解答。

作者
Author: cokie 时间: 2024-12-2 12:32

qian. 发表于 2024-12-2 11:15
是的，体系有虚频，想忽略掉虚频来着。原来是这个样子，我知道了。那我想问一下，如果是有非零梯度，该怎 ...

FORCE_REAL = YES不是忽略掉虚频，是通过取模的方式“暴力”把虚频转化成实频。

不知道你的虚频有多大，我的经验是极小的虚频用这个有概率解决，否则这个方式都报错，建议重新优化到没有虚频再做。

作者
Author: qian. 时间: 2024-12-2 14:47

cokie 发表于 2024-12-2 12:32
FORCE_REAL = YES不是忽略掉虚频，是通过取模的方式“暴力”把虚频转化成实频。

不知道你的虚频有多大 ...

哦哦，我知道了。我的虚频大小为-18.48，我想请问一下大概多小的虚频可以用这个关键词解决呢？
还有就是我遇到过高斯计算出来没有虚频但还是有这个报错，是不是意味着是有非零梯度的原因，这个需要怎么解决呢？
麻烦你了

作者
Author: cokie 时间: 2024-12-2 19:09

qian. 发表于 2024-12-2 14:47
哦哦，我知道了。我的虚频大小为-18.48，我想请问一下大概多小的虚频可以用这个关键词解决呢？
还有就是 ...

有把收敛限改为opt=loose吗。
就目前这个情况，凭空想我已经暂时没有其他思路了，只能根据具体计算输入、输出文件具体分析了

作者
Author: qian. 时间: 2024-12-2 20:41
本帖最后由 qian. 于 2024-12-2 20:54 编辑

cokie 发表于 2024-12-2 19:09
有把收敛限改为opt=loose吗。
就目前这个情况，凭空想我已经暂时没有其他思路了，只能根据具体计算输入 ...

我的输入文件是这样，因为fchk文件过大所以放了log文件

作者
Author: cokie 时间: 2024-12-2 21:56
本帖最后由 cokie 于 2024-12-2 21:59 编辑

qian. 发表于 2024-12-2 20:41
我的输入文件是这样，因为fchk文件过大所以放了log文件

我看了你的输出文件，频率计算最后的Maximum Displacement 和 RMS Displacement 都是NO，这应该是导致你报错的直接原因。可以参看Sob老师帖子（http://bbs.keinsci.com/thread-633-1-1.html）第二部分的第三段即可知道原因。

我把坐标改成了内坐标，并且强制ROTATE=0（可以看到你的输出文件里会有自动添加的ROT=2，这是默认值ROT=-1自行判断的，详见手册），虽然依然有报警但是可以正常结束，计算结果给你附上了。

（如果依然用笛卡尔坐标，那么会出现负IC的情况，如果只改成内坐标不强制STATE2不旋转，则依然报错不进行）

另外不得不吐槽一下：含有这么多柔性结构的化合物，确定不需要加色散矫正吗？

作者
Author: michaelm 时间: 2024-12-2 23:22
借楼问一下各位，gaussian，orca，fcclasses，哪一个做Vibronic Spectra最简单方便？

作者
Author: wal 时间: 2024-12-3 08:32

michaelm 发表于 2024-12-2 23:22
借楼问一下各位，gaussian，orca，fcclasses，哪一个做Vibronic Spectra最简单方便？

只画光谱应该还是gaussian最方便。

作者
Author: qian. 时间: 2024-12-3 10:23

cokie 发表于 2024-12-2 21:56
我看了你的输出文件，频率计算最后的Maximum Displacement 和 RMS Displacement 都是NO，这应该是导致你 ...

你好，我按照你的方法修改了输入文件，但还是有梯度非零的报错，不能正常结束。我用的是fcclasses3.0.1，你用的是什么版本呢，可以看下你的输入文件吗？我的输入输出文件如下。

作者
Author: qian. 时间: 2024-12-3 10:28

cokie 发表于 2024-12-2 21:56
我看了你的输出文件，频率计算最后的Maximum Displacement 和 RMS Displacement 都是NO，这应该是导致你 ...

还有一个问题，对于色散校正，由于这个体系的大部分计算已完成，是否可以不去加色散校正了呢

作者
Author: cokie 时间: 2024-12-3 11:32
本帖最后由 cokie 于 2024-12-3 11:36 编辑

qian. 发表于 2024-12-3 10:28
还有一个问题，对于色散校正，由于这个体系的大部分计算已完成，是否可以不去加色散校正了呢

我用的是304（304对IC计算有优化，不建议继续用301，版本太老了）
输入文件的内容和你写的一样（以上内容都可以在我16L给出的.out文件里查看到）。

至于不加色散矫正的结果能不能用，看你的关注点。可以参看这篇博文中Sob老师的总结（http://sobereva.com/557，注：B3LYP和B3LYP-D3(BJ)是两个不同的泛函）。

作者
Author: qian. 时间: 2024-12-3 14:40

cokie 发表于 2024-12-3 11:32
我用的是304（304对IC计算有优化，不建议继续用301，版本太老了）
输入文件的内容和你写的一样（以上内 ...

好的，了解了，谢谢你解答了我这么多问题

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)