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标题: 做一个离子体系（阴离子B -1，阳离子肼+1）的氢转移过渡态的时候遇到问题 [打印本页]

作者
Author: 黑色桃花 时间: 2024-5-26 20:46
标题: 做一个离子体系（阴离子B -1，阳离子肼+1）的氢转移过渡态的时候遇到问题
各位老师大家好！在做一个离子体系（阴离子B -1，阳离子肼+1）的氢转移过渡态的时候，遇到如下问题：

阳离子为肼离子，在M062X/6-311++G**下进行结构优化(还试过了PBE0,B3LYP,MN15等等，基组也试过了很多了，不管能不能用，都试的那种），不管怎么优化，肼离子上的H原子都会到阴离子上，首先说明下初始模型是我从晶胞抠出来的，但是，我用Molclus进行构象搜索（做了200个），得到的结构跟初始模型是一样的。然后我就想着直接做过渡态（不优化反应物，直接做），但是一直振荡，帖子中所有的办法都试过了，所有挨个试的。后来，我采用了溶剂模型，iefpcm跟smd都试过了，在溶剂化模型的作用下，H原子不到阴离子上了，但是这个情况是不管怎么找过渡态都到不了了（产物不能稳定存在）。我同样采用构象搜索的办法用HB（阴离子加H,模拟成氢转移完成的产物）与N2H4进行搜索，HB上的H都回到阳离子上了。现在的情况总结一下就是，不加溶剂模型，反应物不能存在（H会直接到阴离子上），加了，产物就存在不了了。溶剂模型我用的参数是eps=51.7(肼的）。我从晶胞中接着抠出一些分子想做个显式模型，但是这一段时间算下来，结果是一样的。之后，我固定了其中的重原子，这个过渡态马上就找到了。

想请教各位老师，现在这种情况怎么解决，请各位老师给个办法，谢谢各位老师！

作者
Author: dnlx 时间: 2024-5-26 23:40
路易斯酸碱反应经常没有过渡态。

作者
Author: zsu007 时间: 2024-5-28 08:19
可以试试OAReactDiff寻找过渡态：
https://github.com/chenruduan/OAReactDiff
https://www.nature.com/articles/s43588-023-00563-7

作者
Author: 黑色桃花 时间: 2024-5-28 08:54

zsu007 发表于 2024-5-28 08:19
可以试试OAReactDiff寻找过渡态：
https://github.com/chenruduan/OAReactDiff
https://www.nature.com ...

好的大佬，第一次接触这个代码，看到了这篇文章了，非常厉害，冒昧地问一句，请问这是您开发的吗，确实很厉害！

作者
Author: zsu007 时间: 2024-5-28 14:53
不是我开发的，好用的东东分享给社友！

作者
Author: candicechen 时间: 2024-12-27 21:43

dnlx 发表于 2024-5-26 23:40
路易斯酸碱反应经常没有过渡态。

您好！请问这种说法有文献支撑吗？或者能请你说一下为什么吗？我目前就在找一个形成路易斯酸碱对的过渡态，一直没找到

作者
Author: dnlx 时间: 2024-12-27 22:04

candicechen 发表于 2024-12-27 21:43
您好！请问这种说法有文献支撑吗？或者能请你说一下为什么吗？我目前就在找一个形成路易斯酸碱对的过渡态 ...

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