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标题: 关于计算RDF过程怎么判断平衡问题请教 [打印本页]

作者
Author: KCM@SHU 时间: 2024-5-29 10:33
标题: 关于计算RDF过程怎么判断平衡问题请教
本帖最后由 KCM@SHU 于 2024-5-31 09:37 编辑

各位老师，我想通过lammps计算A原子周围B原子的RDF存在情况来判断A对B的吸附情况。我体系设置了1200个水分子，25个B原子。然后改变A原子的个数来模拟得到RDF，整个模拟都是用NPT在300K，1个大气压下模拟进行的，步长1fs 总共模拟5000000步。然后我发现当我A的个数增加到3的时候，A周围的B数量就开始下降了，当我把A的数量增加到5的时候，A周围的B的数量相比较3A的时候有所增加。我看了一下log文件里面不同数量A下盒子的总体积也相差不大都是在40000左右。（A分子是乙酸上面脱氢羧酸上面那个氧，B分子是Fe3+）
（1）我就想问一下各位老师3个A的时候RDF降低造成这种现象的原因可能是什么呢？按理对于3个A来说25个B应该是足够的，应该还没达到饱和呀（因为一个A的时候RDF积分在1），
（2）还有3个A到5个A他的RDF有所回升是什么原因呢？有没有可能是我整个体系没平衡吗？一般通过什么来判断体系平没平衡呢？（我看不同A数量的RDF最高峰位置基本在一个位置，这个可以作为判断平没平衡的指标吗？）
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作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-30 15:54
没有分子的特征描述，都没法说用rdf讨论吸附是否靠谱。rdf经常被过度地滥用

平衡的判断：
谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡
http://sobereva.com/627（http://bbs.keinsci.com/thread-27122-1-1.html）

作者
Author: KCM@SHU 时间: 2024-5-31 09:37
本帖最后由 KCM@SHU 于 2024-5-31 09:38 编辑

sobereva 发表于 2024-5-30 15:54
没有分子的特征描述，都没法说用rdf讨论吸附是否靠谱。rdf经常被过度地滥用

平衡的判断：

老师我的A分子是乙酸上面脱氢羧酸上面那个氧，B分子是Fe3+，我想通过模拟羧酸脱氢带负电那个氧原子周围铁离子数量来判断吸附能力，老师这样可以吗？我是打算先模拟小分子，然后慢慢增大到带羧酸长链的聚合物

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-1 10:12

KCM@SHU 发表于 2024-5-31 09:37
老师我的A分子是乙酸上面脱氢羧酸上面那个氧，B分子是Fe3+，我想通过模拟羧酸脱氢带负电那个氧原子周围铁 ...

可以

当前情况不好说。计算三种情况的羧基周围的空间分布函数，看看能否看出原因

作者
Author: KCM@SHU 时间: 2024-6-2 17:57

sobereva 发表于 2024-6-1 10:12
可以

当前情况不好说。计算三种情况的羧基周围的空间分布函数，看看能否看出原因

好的，谢谢老师

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