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标题: 关于使用IBI粗粒化的问题 [打印本页]

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Author: 社会主义小战士 时间: 2024-5-29 17:54
标题: 关于使用IBI粗粒化的问题
本帖最后由社会主义小战士于 2024-5-29 18:10 编辑

各位前辈好！

【AAMD力场设置】
[ defaults ]
; nbfunc       comb-rule       gen-pairs       fudgeLJ       fudgeQQ
  1             2             yes             0.5       0.8333

【CGMD力场设置】
[ defaults ]
; nbfunc       comb-rule       gen-pairs       fudgeLJ       fudgeQQ
  1             1             no             1.0       1.0

最近在用IBI做粗粒化，AAMD是用GROMACS在AMBER力场下做的。
我的疑问就是，AMBER力场的fudgeLJ和fudgeQQ这两个校正因子，在用IBI搞粗粒化的时候，这两个校正因子咋办？
我希望CGMD扩大研究的尺度，但同时能够和AAMD的结果对应上。

所以，是不是可以这样思考：

和实验（实际）对应的MD为AAMD，而AAMD与实验之间已有校正因子，
同时，
CGMD又是根据AAMD通过IBI方法做出来的，
所以，
在CGMD部分，校正因子实际上在AAMD时已经传递过来了，严谨点应该说这里不应该再“继续”进行校正，
所以CGMD部分的fudgeLJ和fudgeQQ这两个校正因子都为1.
除此以外还有个comb-rule的问题。
还望各位前辈指导一下！！！谢谢了！！!

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