标题: 关于gmx msd命令计算msd并拟合扩散系数的公式问题 [打印本页] 作者Author: wangyueda 时间: 2024-5-29 21:24 标题: 关于gmx msd命令计算msd并拟合扩散系数的公式问题 请教下各位老师，在利用gmx msd命令计算msd并拟合扩散系数时，手册上说法是“The diffusion constant is calculated by least squares fitting a straight line (D*t + c) through the MSD(t)”，即拟合的时候会有一个常数c，但是根据大多数文献上利用爱因斯坦关系来拟合扩散系数的时候是没有常数c的，即D=MSD(6)/2dt，d为体系的维度。我想问下为啥这里gmx拟合扩散系数的时候会带上这个常数c，以及这样操作会对拟合得到的扩散系数D有多大影响？ 作者Author: sobereva 时间: 2024-5-30 16:13
例如如果取中间平直的这一段拟合，c就不为0