计算化学公社

标题: 模拟羟基磷灰石与胶原的结合时，输入的胶原文件需要做哪些处理？ [打印本页]

作者
Author: Willow0114 时间: 2024-5-30 00:09
标题: 模拟羟基磷灰石与胶原的结合时，输入的胶原文件需要做哪些处理？
我想模拟羟基磷灰石或者说钙离子和磷酸根离子在胶原蛋白上的结合情况，但是我现在用的胶原并不能结合钙离子，于是我对胶原的pdb文件进行分析，发现它本身并不带电，但是我看的有关文献中并没有介绍如何处理胶原的pdb文件，所以我想问一下胶原文件要如何处理才能实现我的目标。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-30 16:09
蛋白质类体系照常用pdb2gmx产生拓扑文件。原子电荷是体现在拓扑文件里的，不体现在结构文件层面。去质子化的羧基、肽键的氧等带显著负电荷的原子都对钙离子有不同程度的结合能力。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)