计算化学公社

标题: 求助GROMACS里计算组间非键相互作用的mdp设置 [打印本页]

作者
Author: Huly 时间: 2024-5-30 10:30
标题: 求助GROMACS里计算组间非键相互作用的mdp设置

我的体系是一个RNA配对二核苷酸片段，我想计算这两个核苷酸之间的非键相互作用，因此我将左边核苷酸设为a组，右边核苷酸设为b组，然后选择组间能量。

我的mdp文件内容：
; Nonbonded settings

cutoff-scheme = Verlet

ns_type = grid

nstlist = 10

rcoulomb = 1.0

rvdw = 1.0

DispCorr = EnerPres

; Electrostatics

coulombtype = PME

pme_order = 4

fourierspacing = 0.16

; Periodic boundary conditions

pbc = xyz ; 3-D PBC

我想问：

1. 我的mdp文件设置合理吗？静电、范德华截断距离合适吗？

2. 使用PME方法计算库伦相互作用与rcoulomb设置的截止距离冲突吗？

3. 我在选择组间能量时，发现只有a-bLJ-SR(36)、a-b Coul-SR(35)，那长程部分呢？没有办法计算长程的 a-b Coul吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-30 15:18
参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）的ppt里提到的需要注意的问题

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作者
Author: Huly 时间: 2024-5-31 16:25

sobereva 发表于 2024-5-30 15:18
参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）的ppt里提 ...

谢谢老师，我将cutoff-scheme方式改成group，coulombtype改成Cut-off，其他的参数不用调整吧
; Nonbonded settings
cutoff-scheme          = group ; Buffered neighbor searching
ns_type                = grid    ; search neighboring grid cells
nstlist                = 10       ; 20 fs, largely irrelevant with Verlet
rcoulomb             = 1.2    ; short-range electrostatic cutoff (in nm)
rvdw                   = 1.2    ; short-range van der Waals cutoff (in nm)
DispCorr             = EnerPres  ; account for cut-off vdW scheme
; Electrostatics
coulombtype          = Cut-off    ; Particle Mesh Ewald for long-range electrostatics
pme_order             = 4       ; cubic interpolation
fourierspacing       = 0.16    ; grid spacing for FFT

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-1 10:21

Huly 发表于 2024-5-31 16:25
谢谢老师，我将cutoff-scheme方式改成group，coulombtype改成Cut-off，其他的参数不用调整吧
; Nonbonde ...

ppt里说了，此时rcoulomb应尽量设大

作者
Author: Huly 时间: 2024-6-4 13:32

sobereva 发表于 2024-6-1 10:21
ppt里说了，此时rcoulomb应尽量设大

好的谢谢卢老师

作者
Author: Huly 时间: 2024-6-18 22:23

sobereva 发表于 2024-5-30 15:18
参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）的ppt里提 ...

卢老师，我用ORCA计算了单点能，根据 EAB-EA-EB计算了两个核苷酸之间的非键相互作用；然后我又用GROMACS计算了两个核苷酸的非键相互作用，使用的mdp文件是从官网NVT模拟的mdp文件改的，模拟默认温度是300k；但是我发现ORCA计算时根本不考虑温度，那我模拟时温度该设为多少呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-19 05:20

Huly 发表于 2024-6-18 22:23
卢老师，我用ORCA计算了单点能，根据 EAB-EA-EB计算了两个核苷酸之间的非键相互作用；然后我又用GROMACS ...

我不知道你的计算目的是什么。如果是量子化学和力场计算的某一帧结构下的结果直接对比，实际研究是什么温度就设什么温度跑MD就完了

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