计算化学公社

标题: 求助能垒图绘制存在立体异构时如何连接问题 [打印本页]

作者
Author: hustlxl 时间: 2024-5-30 11:40
标题: 求助能垒图绘制存在立体异构时如何连接问题
各位老师和前辈好，学生在计算不同反应路径当时，发现路径中中间体结构互为立体异构结构（三个结构都经IRC计算之后优化稳定），能量略有差异，其中1到2是一条路径，1到3是一条路径。
请问这种情况在绘制能垒图时应该如何绘制（求教了本学院的一位也是做化学计算的老师说可以直接连接）？因为在绘制过程中，发现很多这种情况，有的（立体异构之间）能量差还比较大，感到有点不知所措。纯非化学专业量化新手，请各位前辈不吝赐教。 (, 下载次数 Times of downloads: 5)

作者
Author: sai77 时间: 2024-5-30 12:29
这就是过氧基团采取不同朝向形成的不同构象的差别，所以每个中间体和过渡态都应该做构象搜索

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Author: sobereva 时间: 2024-5-30 15:06
1和2的能量没有本质差异
1和3之间有异构化过程，异构化本身也算反应的一步。但如果1和3之间互变势垒非常低、在反应温度下可以瞬间转变过去（当前就是），可以不刻意找过渡态，直接把两个极小点结构在energy profile图上相连

作者
Author: hustlxl 时间: 2024-5-30 16:00

sai77 发表于 2024-5-30 12:29
这就是过氧基团采取不同朝向形成的不同构象的差别，所以每个中间体和过渡态都应该做构象搜索

谢谢老师！我大概了解了一下构想搜索，大概就是找出过氧基不同朝向下，能量最低的状态，我做过一个O-O和大分子二面角的扫描，1状态和2状态应该是能量最低点，3状态是能量最高点。老师我想知道从1到2，从1到3，是中间体结构的变化，构想搜索是为了什么呢？

作者
Author: hustlxl 时间: 2024-5-30 16:22

sobereva 发表于 2024-5-30 15:06
1和2的能量没有本质差异
1和3之间有异构化过程，异构化本身也算反应的一步。但如果1和3之间互变势垒非常低 ...

收到，谢谢sob老师！

作者
Author: sai77 时间: 2024-5-31 08:49

hustlxl 发表于 2024-5-30 16:00
谢谢老师！我大概了解了一下构想搜索，大概就是找出过氧基不同朝向下，能量最低的状态，我做过一个O-O和 ...

构象搜索是为了确定体系的全局最小点，如果是比较柔性的分子，你随手画的结构不一定是能量最低。不过你这个体系比较刚性，可能不需要做构象搜索。
从你画的结构看，好像是1经过3得到2，1和2是过氧基朝向共轭分子的前/后面，3是过渡态吧？过氧基从前面转到后面需要与共轭分子共平面

作者
Author: hustlxl 时间: 2024-6-3 09:21

sai77 发表于 2024-5-31 08:49
构象搜索是为了确定体系的全局最小点，如果是比较柔性的分子，你随手画的结构不一定是能量最低。不过你这 ...

老师好，1是前面反应路径的产物，2和3分别是后面反应路径的反应物，我的问题是想在能垒图上把1和2，1和3连接起来，找他们之间的过渡态我没找出来。按sob老师所说的，应该是一般是要找立体异构中间体的过渡态，但是如果两个中间体之间能量差异较低、反应温度下可以瞬间转变，就可以直接在能垒图上连接。

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