计算化学公社

标题: 关于计算两个group之间的静电势能和范德华能 [打印本页]

作者
Author: xiao_buaa 时间: 2024-5-30 11:48
标题: 关于计算两个group之间的静电势能和范德华能
请问老师们，通过lammps计算体系中两类分子的静电势能和范德华能，用来评估库伦力和范德华力对两类分子吸附的贡献，请问如何实现？
常规输出的都是体系的总能量，什么样的方式能够实现两个group之间的两种能量结果输出呢？
另外一个问题，关于pi-pi共轭，听sob老师说主要的本质是色散作用，是不是可以归到范德华力那一块？分子动力学模拟要如何体现或者量化出pi-pi堆积效应的存在呢？
谢谢老师们！

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-30 15:10
lammps的情况我不清楚，gromacs可以定义能量组来得到组间的静电作用和范德华作用能

是。所有主流的分子力场都可以至少定性合理描述pi-pi作用。对pi-pi作用的局部片段间计算范德华作用能就可以衡量

作者
Author: Graphite 时间: 2024-5-30 22:08
rerun已经做好的模拟，新的in文件里加上compute group/group
这个rerun把电荷删掉得到的就是LJ，把LJ参数设为0得到的就是静电

作者
Author: xiao_buaa 时间: 2024-5-31 10:18

sobereva 发表于 2024-5-30 15:10
lammps的情况我不清楚，gromacs可以定义能量组来得到组间的静电作用和范德华作用能

是。所有主流的分子 ...

谢谢社长，想再细问一下，对pi-pi作用的局部片段间计算范德华作用能，这个局部片段具体是指的什么片段呀，比如氧化石墨烯，就是只group计算本体的C原子，不考虑进去外接的官能团，计算与其他芳香族的分子的范德华作用能？还有衡量指标是多少大小能说明存在pi-pi作用呀？能不能请社长细说一下，谢谢社长！

作者
Author: xiao_buaa 时间: 2024-5-31 10:50

Graphite 发表于 2024-5-30 22:08
rerun已经做好的模拟，新的in文件里加上compute group/group
这个rerun把电荷删掉得到的就是LJ，把LJ参数 ...

谢谢老师，这个方法不错！

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-1 10:15

xiao_buaa 发表于 2024-5-31 10:18
谢谢社长，想再细问一下，对pi-pi作用的局部片段间计算范德华作用能，这个局部片段具体是指的什么片段呀 ...

诸如石墨烯吸附多环芳烃衍生物，就只把石墨烯和被吸附分子的pi区域（多环芳烃区域的碳）的原子纳入到统计里

没有大小标准，pi-pi作用用Multiwfn直接可视化一看便知。参考
一篇最全面介绍各种弱相互作用可视化分析方法的文章已发表！
http://sobereva.com/667（http://bbs.keinsci.com/thread-37629-1-1.html）
使用Multiwfn做IGMH分析非常清晰直观地展现化学体系中的相互作用
http://sobereva.com/621（http://bbs.keinsci.com/thread-28147-1-1.html）
8字形双环分子对18碳环的独特吸附行为的量子化学、波函数分析与分子动力学研究
http://sobereva.com/674（http://bbs.keinsci.com/thread-38312-1-1.html）
18碳环（cyclo[18]carbon）与石墨烯的相互作用：基于簇模型的研究一例
http://sobereva.com/615（http://bbs.keinsci.com/thread-25306-1-1.html）
全面探究18碳环独特的分子间相互作用与pi-pi堆积特征
http://sobereva.com/572（http://bbs.keinsci.com/thread-19660-1-1.html）

作者
Author: wildon 时间: 2025-1-2 21:34

xiao_buaa 发表于 2024-5-31 10:50
谢谢老师，这个方法不错！

你好，请问具体lammps中的代码可以分享下嘛

作者
Author: ggshining 时间: 2025-7-31 15:23

Graphite 发表于 2024-5-30 22:08
rerun已经做好的模拟，新的in文件里加上compute group/group
这个rerun把电荷删掉得到的就是LJ，把LJ参数 ...

请问下老师，rerun是读取dump文件也就是轨迹，那是直接在原in文件中增加compute和rerun命令并且删除run就行吗？
由于修改LJ和charge参数是在原data文件中，那rerun的in文件里是不是还需要read_data？rerun读取dump文件会和前面read_data冲突吗？
具体操作的时候有一些疑问，恳请老师解惑，非常感谢！

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