标题: 利用zeo++合成MOF的时候遇到了一些问题 [打印本页] 作者Author: MOF_ML 时间: 2024-5-30 15:13 标题: 利用zeo++合成MOF的时候遇到了一些问题 各位老师好，当我利用zeo++合成MOF的时候遇到了一些问题，其过程如下：
我采用Zn4O和linker按照pcu-2d的形式去合成MOF的时候，出现了警告，警告内容：NOTICE: the net file comprises disconnected nets - the connection-based assembly method can not be performed：
意味着文件中描述的分子网络是断开的，即网络中的某些部分并不直接相连。
至于为什么使pcu-2d文件，因为我尝试了pcu.cgd以及pcu-3d.cgd文件都是合成不了的；
针对这种情况，我应该如何修改这个文件内容能使其连接起来呢？
修改这个文件的内容是否需要参考linker.xyz文件呢？
pcu-2d文件内容如下：
crystal
name C2 N0.5 O0.0417 Co0.1667
cell 16.6103 16.6103 16.6103 90.000 90.000 90.000
group I-43m
atom 1 6 0.00000 0.00000 0.00000
edge 1 -1.00000 0.00000 0.00000
edge 1 0.00000 1.00000 0.00000
edge 1 1.00000 0.00000 0.00000
edge 1 0.00000 -1.00000 0.00000
edge 1 0.00000 0.00000 1.00000
edge 1 0.00000 0.00000 -1.00000
end
谢谢各位老师的指导！
作者Author: FanZL 时间: 2025-5-7 15:26
请问您的问题解决了吗？我有建模的问题想请教一下。我构建cof模型时没有构建成功，出现了这样的提示，“symmetry group = P6
net file parsed correctly
ERROR: 3 edges were expected but after examining edges by symmetry AND orphan edges, 1 were identified - can not complete the net
NOTICE: calling abort()
Aborted”
看提示拓扑文件是对的，连接单元不对。请问您有遇到过这个问题吗