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标题: GROMACS做适体界面模拟体系时在能量最小化步骤遇到结构崩溃问题该如何解决？ [打印本页]

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Author: XYKJ 时间: 2024-5-30 18:09
标题: GROMACS做适体界面模拟体系时在能量最小化步骤遇到结构崩溃问题该如何解决？
各位老师好！

模型为DNA适体接上巯基己醇小分子再搭建到金表面上（如图1所示，对应total.pdb文件）。能量最小化后结构崩溃了（如图2所示，对应total-minim.pdb文件），请问如何解决此问题？附件是输入文件压缩包。望老师们解答，十分感谢！

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