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标题: Material studio建模的bug [打印本页]

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Author: 123wo 时间: 2024-5-31 10:51
标题: Material studio建模的bug
在构建含盒子的表面模型时，MS软件可能存在一个Bug，例如将小分子例如氧气吸附到金属表面上时，构建小分子的xsd文件带不带盒子都没什么问题；但是对于较大的分子，例如苯酚，可能就必须带盒子了，不然在粘贴到表面的xsd文件中后，就会出现结构的显著错误，这一点尽管使用default模式下看不出来，original模式下就是会发现苯酚分子不见了。
如果检查结构的car文件，发现苯酚的原子坐标非常离谱，已经负到上千了。
解决方法：在MS类似苯酚的大分子建模后，需要加盒子，然后拷贝盒子内的分子到表面内，并且需要以original的形式检查结构建模有没有出错。
这是car文件的离谱苯酚坐标：
Pd63    5.502280707 7.941858119 4.492593385 XXXX 1    xx    Pd  0.000
Pd64    5.502280707 4.765114871 6.738890077 XXXX 1    xx    Pd  0.000
C1 -2079.22268361  736.690482914 -6208.79878707 XXXX 1    xx    C 0.000
C2 -2079.22051989  738.230438880 -6208.78130062 XXXX 1    xx    C 0.000
C3 -2080.55337756  739.001898942 -6208.76819953 XXXX 1    xx    C 0.000
C4 -2081.88790792  738.233708287 -6208.76918752 XXXX 1    xx    C 0.000
C5 -2081.88989331  736.693910980 -6208.79471612 XXXX 1    xx    C 0.000
C6 -2080.55716954  735.922382161 -6208.80799864 XXXX 1    xx    C 0.000
O1 -2083.19472376  738.990476228 -6208.76948928 XXXX 1    xx    O 0.000
H1 -2078.23579807  736.119422322 -6208.80643203 XXXX 1    xx    H 0.000
H2 -2078.23291096  738.798955404 -6208.77847929 XXXX 1    xx    H 0.000
H3 -2080.55160709  740.142283903 -6208.75790871 XXXX 1    xx    H 0.000
H4 -2082.87787654  736.125211566 -6208.80413584 XXXX 1    xx    H 0.000
H5 -2080.55867798  734.782404055 -6208.82496268 XXXX 1    xx    H 0.000
H6 -2083.40542876  739.365863177 -6207.74702077 XXXX 1    xx    H 0.000

然后这是outmol的对应报错：
Message: DMol3 job failed
Error: DMol3 exiting
  ckincoor: error reading atomic coordinates at line                   67 :
-->
C       -3929.16142489709773 1392.14325159672944********************
  <--                   46
Errors from parallel task 2:
  ckincoor: error reading atomic coordinates at line                   67 :
-->
C       -3929.16142489709773 1392.14325159672944********************
  <--                   46
Peak memory usage: 221372 kB on current thread
... Calling mpi_abort ...

这样的处理可以避免建模建成离谱结构的问题。

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