计算化学公社

标题: [已经解决]模拟二氯甲烷溶液，分子断裂，氯原子跑到远处 [打印本页]

作者
Author: 牧生 时间: 2024-5-31 16:47
标题: [已经解决]模拟二氯甲烷溶液，分子断裂，氯原子跑到远处
本帖最后由牧生于 2024-6-1 10:55 编辑

近日做二氯甲烷模拟，发现有问题，虽然不报错，但是看起来非常不符合预期，具体步骤如下:

1.GV画出二氯甲烷，用RESP懒人脚本优化并计算RESP电荷，
2.用sobtop生成二氯甲烷的itp文件，并使用了RESP电荷，全部使用gaff力场，
3.使用packmol把200多个二氯甲烷放入盒子，
4.能量极小化顺利完成，NPT预平衡也顺利结束，没有任何异常提示，但是vmd打开一看就很异常，两个rep都不是一个完成的二氯甲烷

虽然我自认不是新手了，也知道VMD是按距离判断成键，但是这个氯原子跑的太离谱了

(, 下载次数 Times of downloads: 7)

(, 下载次数 Times of downloads: 5) (, 下载次数 Times of downloads: 2)

最终解决：
发现仅仅是VMD的显示问题，把跑完后gro文件转为pdb文件，用vmd载入以后，就一切正常。。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-31 17:14
检查能量极小化过程的轨迹，试图弄清楚是什么情况、怎么分离开的。并且检查结构文件和拓扑文件对应关系。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)