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标题: VMD复合物中配体波动范围与gmx_MMPBSA残基分解结果文件处理求助 [打印本页]

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Author: 艾小野 时间: 2024-5-31 22:30
标题: VMD复合物中配体波动范围与gmx_MMPBSA残基分解结果文件处理求助
各位前辈老师们好，我有两个问题想请教各位：
1、利用gmx_mmpbsa分析了配体10埃范围内残基在1000帧的能量，我目前是采用excel里的排序将残基序号按升序排列，而后逐个计算每个残基deltaGtotal的均值，最后用origin做柱状图但是感觉这个处理起来有点慢，想请教各位有什么更好的办法吗？
2、我还想利用vmd可视化复合物中配体的波动范围，这里我选择的是对复合物已经fit rot+trans的轨迹pdb，现在回想这里是不是应该选择的是没有进行对齐复合物轨迹呢？因为我不确定对复合物整体的索引组进行fit之后配体是不是也已经fit了（我感觉已经fit了），此外我点开RMSD trajectory Tool之后发现复合物pdb是灰的，且选择蛋白质骨架，而后点align没有反应，这是不是因为已经fit所导致的呢？
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如果蛋白质骨架fit的最终效果是这样的话，我最后想请教各位怎么让蛋白显示的只有一帧结构的效果（就像下图这样）？
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