计算化学公社

标题: 求助：结冰模拟时总有一团水分子不能结冰成功 [打印本页]

作者
Author: Mr.zhen 时间: 2024-6-1 08:10
标题: 求助：结冰模拟时总有一团水分子不能结冰成功
以中间是冰两侧是水的模型进行水结冰的模拟（.mdp文件已上传），发现左侧的水在50ns时基本已完成结冰（图1），而右侧一直有一团水在不断移动一直不结冰，移动到哪里就会破坏掉那里已经结好的冰晶结构（图2为75ns时，水团簇向下移动了一点；图3为100ns时，水团簇移动到中间，破坏了原来在中间的冰晶）。这是因为结冰过程中边缘先结冰导致里面的空间受限制水分子无法变成体积更大的冰晶吗？这种情况应如何解决，希望各位老师能指点一二

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-1 10:04
如果是体相的模拟，用全各向异性控压再试

作者
Author: Mr.zhen 时间: 2024-6-1 14:37

sobereva 发表于 2024-6-1 10:04
如果是体相的模拟，用全各向异性控压再试

您的意思是需要在md之前进行一次npt吗？我是em之后直接进行的md，之前一直不太清楚npt这步的作用，好像只有热浴压浴不一样，也不知npt的nsteps设多少比较好，所以计算时忽略了

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-2 09:23

Mr.zhen 发表于 2024-6-1 14:37
您的意思是需要在md之前进行一次npt吗？我是em之后直接进行的md，之前一直不太清楚npt这步的作用，好像只 ...

水和冰的密度明显不同，模拟结冰显然得用控压，要不然盒子尺寸不合适
“npt的nsteps设多少比较好” 语义不明。正确理解NPT这个词，这是指系综，而不是什么具体计算步骤/阶段

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)