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标题: 导入pdb文件后如何调整Sobtop自动确定的键连关系 [打印本页]

作者
Author: lucky1999 时间: 2024-6-1 09:32
标题: 导入pdb文件后如何调整Sobtop自动确定的键连关系
各位老师，我模仿http://sobereva.com/soft/Sobtop/中“例7：产生碳纳米管的GROMACS拓扑文件”，采用pdb文件作为输入文件传入Sobtop中，有一些原子之间应该是成键的但是Sobtop输出结果中并未成键。请问如何调整Sobtop自动确定的某几个原子之间的键连关系而不更改sobtop.ini里的bondcrit？pdb文件中为一个COF结构，是经CP2K优化之后的。附件中为pdb文件和通过Sobtop导出的gjf文件。谢谢各位老师的解答。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-1 10:03
用gview产生的mol2就完了，连接关系在gview里看到是什么样就是什么样，看sobtop主页里MOF的例子

作者
Author: lucky1999 时间: 2024-6-1 10:45

sobereva 发表于 2024-6-1 10:03
用gview产生的mol2就完了，连接关系在gview里看到是什么样就是什么样，看sobtop主页里MOF的例子

谢谢sob老师，懂啦！

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