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标题: Rosetta中ddg_monomer报错求助 [打印本页]

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linlinlin    时间: 2024-6-1 18:56
标题: Rosetta中ddg_monomer报错求助
本帖最后由 linlinlin 于 2024-6-1 18:56 编辑

想要通过突变多肽-蛋白复合体中多肽上的氨基酸,计算突变前后的结合亲和力的变化,来进一步改造多肽。使用了Rosetta的ddg_monomer模块,①按照官方教程先把残基序列从1开始标,然后使用clean_pdb.py处理PDB文件。②再通过minimize_with_cst.linuxgccrelease做能量最小化,并得到mincst.log文件。③通过convert_to_cst_file.sh得到距离限制文件。④写一个包含突变信息的mutfile文件。⑤run。在第⑤步报错,ERROR: Error in core::conformation::Conformation::residue(): The sequence position requested was 0.  Pose numbering starts at 1.ERROR:: Exit from: src/core/conformation/Conformation.hh line: 509[ERROR]:Caught exception:File:src/core/conformation/Conformation.hh line: 509[ERROR]:UtilityExitExceptionERROR: Error in core::conformation::Conformation::residue(): The sequence position requested was 0. Pose numbering starts at 1.请问这是什么原因呢?试了从PDB库里下载的残基序列从1开始的文件,也是报这个错。按照官方教程里的mutfile文件例子,也是报这个错。请各位老师帮助我!谢谢!







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