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标题: 求助，在成品模拟出现如下提示是意味着NPT没有做好吗 [打印本页]

作者
Author: jlyjlysjd 时间: 2024-6-2 13:20
标题: 求助，在成品模拟出现如下提示是意味着NPT没有做好吗
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在最后的成品模拟出运行时，出现如下提示是意味着NPT没有做好吗，是不是还是处于不稳定状态呢？
这样的提示，总的提示了3步。
附：prd.mdp
integrator             = md
dt                      = 0.002
nsteps                = 2500000

nstenergy             = 5000
nstlog                = 5000
nstxout-compressed    = 2000

continuation          = yes
constraint-algorithm    = lincs
constraints             = h-bonds

cutoff-scheme          = Verlet

coulombtype             = PME
rcoulomb                = 1.0

vdwtype                = Cut-off
rvdw                   = 1.0
DispCorr                = EnerPres

tcoupl                = V-rescale
tc-grps                = System
tau-t                   = 0.2
ref-t                   = 298.15

pcoupl                = Parrinello-Rahman
tau_p                   = 1.0
compressibility       = 4.46e-5
ref_p                   = 1.0

分子数不算太多，大约5000多个

作者
Author: Seyilaxa 时间: 2024-6-2 13:24
先观察轨迹看看报错前后系统有没有什么异常现象

作者
Author: jlyjlysjd 时间: 2024-6-2 16:36

Seyilaxa 发表于 2024-6-2 13:24
先观察轨迹看看报错前后系统有没有什么异常现象

请问我刚刚跑完成品模拟，截取到最后一帧，查看结果，感觉是很合理的，这样是不是可以说明这个系统是正常的，可以忽视这个提示信息呢

作者
Author: Seyilaxa 时间: 2024-6-2 20:05

jlyjlysjd 发表于 2024-6-2 16:36
请问我刚刚跑完成品模拟，截取到最后一帧，查看结果，感觉是很合理的，这样是不是可以说明这个系统是正常 ...

如果明确体系没有出现异常倒是没什么大问题，PR压浴确实是容易出现振荡，尤其是体系没有完全平衡的时候
实在担心可以换社长推荐的C-rescale，原理上更好只是目前还不如PR普及

作者
Author: weimin6919 时间: 2024-6-2 20:23
如果用的版本比较新的gmx就用C-rescale

作者
Author: jlyjlysjd 时间: 2024-6-3 08:40

Seyilaxa 发表于 2024-6-2 20:05
如果明确体系没有出现异常倒是没什么大问题，PR压浴确实是容易出现振荡，尤其是体系没有完全平衡的时候
...

好的谢谢

作者
Author: jlyjlysjd 时间: 2024-6-3 08:40

weimin6919 发表于 2024-6-2 20:23
如果用的版本比较新的gmx就用C-rescale

好的谢谢

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